DNA diagnostika syndromu

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Vrozené poruchy sluchu
Advertisements

TROMBOFILNÍ MUTACE A RIZIKOVÉ FAKTORY U MLADÝCH DÍVEK ČESKÉ POPULACE UŽÍVAJÍCÍCH HORMONÁLNÍ ANTIKONCEPCI MUDr. Zdenka Vlčková GHC GENETICS, s.r.o. –
Mutace genu pro Connexin 26 jako významná příčina nedoslýchavosti
Produkty peroxidace lipidů v erytrocytech jako biochemické markery pro včasnou diagnózu Alzheimerovy choroby J. Illner1, Z. Chmátalová1, M. Vyhnálek2,
1 2 FUNKČNÍ VARIANTA GENU ANXA11 SNIŽUJE RIZIKO ONEMOCNĚNÍ SARKOIDÓZOU: POTVRZENÍ VÝSLEDKŮ CELOGENOMOVÉ ASOCIAČNÍ STUDIE. Sťahelová A. 1, Mrázek F. 1,
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Genetická vyšetření u dědičných neuropatií P. Seeman Klinika dětské neurologie, DNA laboratoř, UK 2. LF a FN Motol Praha a CMT tým UK 2. LF a FNM.
DNA diagnostika Hlavní cíle:
Synoviální sarkom Ravčuková B1. , Kadlecová J1. , Štěrba J 2
Molekulární diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A., Kadlecová J., Ravčuková B., Kroupová P., Valášková I. a Gaillyová R. Odd. lékařské genetiky,
QT intervaly – metody detekce konce T vlny Jitka Jirčíková.
Genetika.
MOLEKULÁRNÍ DIAGNOSTIKA NEUROFIBROMATÓZ
DNA bankování pro lékařský výzkum „informovaný souhlas“ OLG FN Brno.
Muskulární dystrofie typu Duchenne (Becker) B. Ravčuková , J
SPEKTRUM CHOROBY CHARCOT-MARIE-TOOTH V REGIONU JIŽNÍ MORAVY
STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
RNA savčí buňka: pg celkové RNA rRNA (28S,18S, 5S) 80-85%
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
RNA diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A. , Kadlecová J
PRIMÁRNÍ IMUNODEFICIENCE
PREVENCE genetických patologických stavů (GPS). Prognózování GPS a genetické poradenství Principem genetického prognózování je předpovědění vzniku určitého.
Inspirováno přednáškou Doc. MUDr. Ondrejčáka, CSc.
První prenatální diagnostika u choroby Charcot-Marie-Tooth typ 1A v ČR. P. Seeman 1, M. Čtvrtečková 1, A. Lipková 2 1-Klinika dětské neurologie 2. LF UK.
Zkušenosti s diagnostikou a péčí o pacienty s chorobami CMT
Výpočty rizik monogenních chorob
Polymorfismus lidské DNA.
Základy elektrokardiografie
Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller
RNA savčí buňka: pg celkové RNA rRNA (28S,18S, 5S) 80-85%
DNA diagnostika.
Náplň praktik Izolace vlastní DNA PCR - namnožení genů CFTR a HFE
Elektro(pato)fyziologie
Cystická fibrosa.
Základní typy genetických chorob Marie Černá
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Fakultní Nemocnice Brno Jihlavská 20, Brno
Renata Gaillyová Ošetřovatelství LF 2009
Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí.
Farmakogenetika Cíl Na základě interdisciplinárního integrace znalostí farmakologie a genetiky popsat vliv dědičnosti na odpověď organismu.
Fakultní Nemocnice Brno Jihlavská 20, Brno
SMAMII-8 Detekce polymorfismů v genomech. Metody molekulární diagnostiky Se zaměřují na vyhledávání rozdílů v sekvencích DNA a Identifikaci polymorfismů.
Cystická fibróza Soňa Kundová, Lucie Lžičařová, Lenka Tomanová, Anna Kutíková, Lucia Macková.
RNA savčí buňka: pg celkové RNA rRNA (28S,18S, 5S) 80-85% tRNA, snRNA 15-20% mRNA 1-5% mRNA molekul/buňku, tj rozdílných transkriptů.
Typy dědičné neuropatie a možnosti DNA vyšetření P. Seeman.
Z čeho mají genetici radost V. Hořínová V. Hořínová Genetická ambulance Jihlava Genetická ambulance Jihlava.
Neurofibromatóza I von Recklinghausenova nemoc Zpracovali: Zuzana Melišová Peter Minárik Kateřina Matoušková Martin Šefčík.
Projekt HAPMAP Popis haplotypů
Současný stav klinické genetiky a její perspektivy v klinické medicíně.
Detekce mutací v myelin protein zero (MPZ) genu u pacientů s dědičnými neuropatiemi – první nálezy mutací v ČR P. Seeman, P. Šušlíková, V. Beneš, M. Čtvrtečková,
Elektro(pato)fyziologie
Nepřímá DNA diagnostika
Klinický popis projevů
Výsledky molekulárně genetických vyšetření u CMT choroby v České republice MUDr. P. Seeman.
Syndrom prodlouženého Q-T intervalu
Hemo - philia.
Genetika Přírodopis 9. r..
SPEKTRUM CHOROBY CHARCOT-MARIE-TOOTH V REGIONU JIŽNÍ MORAVY
Direct PCR Přímá kvantitativní fluorescenční polymerázová řetězová reakce (direct QF-PCR) prenatální i postnatální detekce trizomie.
genetika gen -základní jednotka genetické informace geny:
Arytmie Jitka Pokorná.
Organizace lidského genomu, mutace a instabilita lidské DNA
Williams Beuren syndrom
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
„Next-Gen“ Sequencing
Renata Gaillyová Ošetřovatelství LF 2008
FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA Eva Paděrová.
URČENÍ BAKTÉRIE RODU BORRELIA POMOCÍ DNA SEKVENACE
Genetika.
Genetika.
Transkript prezentace:

DNA diagnostika syndromu

prodlouženého QT intervalu

Kadlecová J.1, Ravčuková B.1, Grochová D.3, Gaillyová R. 1, Novotný T. 2 a Semrád B.2 1odd. lékařské genetiky, FN Brno 2interní kardiologická klinika, FN Brno 3 PřF MU Brno

Long QT syndrom (LQT) Dědičná kardiologická choroba charakterizovaná prodloužením repolarizace myokardu, které zvyšuje riziko maligních komorových arytmií a tím i synkop a náhlého úmrtí. Klinické projevy LQTsy poruchy srdeční činnosti * ventrikulární tachyarytmie (torsade de points) * ventrikulární fibrilace * synkopy sy náhlého úmrtí prodloužení QT intervalu na EKG (obr.1)

Obr.1: EKG z ergometrického vyšetření (50mm/s, 20mm/mV) dokumentující dynamiku chování LQT vlevo výrazné prodloužení QTc u pacienta, vpravo fyziologická zkrácení QTc u zdravého jedince

Formy LQT sy podle dřívějšího rozlišování: - Romano-Ward syndrom s dědičností autozomálně dominantní - Jerwell a Lange-Nielsen syndrom (JLN) s dědičností autozomálně recesivní, navíc charakterizovaný poruchou sluchu dnes jsou tyto syndromy chápány jako společné fenotypové vyjádření nejméně 9 geneticky odlišných nozologických jednotek ( tab.1)

Tab.1 : Typy LQTs ve vztahu ke genům a jejich produktům , - podjednotky iontových kanálů

Mutační analýza genu KVLQT1 a genu HERG ) KVLQT1 gen lokus - 11p15.5 KVLQT1 gen -350 kbp, 16 exonů produkt KVLQT1 genu: K+kanálová  podjednotka (IKs), nezbytná pro depolarizaci srdečních iontů. Protein sestává z 6 transmembránových domén S1 - S6 a jedné domény: póry viz schéma 1 ) HERG gen lokus - 7q35-36 HERG gen - 19 kbp, 16 exonů produkt HERG genu: K+kanálová  podjednotka (Ikr), sestávající z 6 transmembránovýchsegmentů(S1-S6), jedné oblasti póru (P) a nukleotid vazající domény(cNBD), viz schéma 2 Mutace v genech KVLQT1 (42%) a HERG (45%) představují většinu nalezených mutací u LQT pacientů ( 87 % dosud identifikovaných mutací)

Schéma 1: KVLQT1: K+kanálová  podjednotka (Splawski et al., 2000) Schéma 2: HERG: K+kanálová  podjednotka (Splawski et al., 2000)

Schéma 1: Iontový K+kanál složený z proteinu KVLQT1 a minK P Kanál obsahuje 4 KVLQT1 podjednotky z nichž každá má 6 transmembránových segmentů (S1-S6) a oblast póru (P) tvořící funkční kanál Schéma 2: Iontový K+ kanál HERG P HERG protein obsahuje 6 transmembránových jednotek, oblast póru(P) a nukleotid vázající domény (cNBD) Převzato z: Wang, Q. et al., 1998, Molecular Medicine Today

Protokol mutační analýzy KVLQT1/HERG genu u LQT pacientů genetická poradna informovaný souhlas pacienta odběr krve, izolace DNA multiplex PCR - syntéza 16 exonů KVLQT1/ HERG genu ve 4 PCR reakcích multiplex SSCP analýza (metoda jednořetězcového konformačního polymorfismu) SSCP jednotlivých exonů (při nálezu změny mobility DNA fragmentu v multiplex SSCP) potvrzení a verifikace sekvenční změny sekvenováním na ABI Prism 310 detekce potvrzené mutace u ostatních členů rodiny

Multiplex PCR oblast II ( ex.5, 7, 9 a 10 genu KVLQT1) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 legenda: 12% PAGE (40:1), 150V/16hod/ 15°C dráha 1: marker molekulových hmotností pBR322/Alu1 dráha 2-8: multiplex PCR ( LQT pacienti) dráha 9: multiplex PCR (kontrolní DNA)

Multiplex of SSCP (exons 5, 7, 9, 10 of KVLQT1gene) +ssDNA(mt) -ssDNA(mt) 1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 B) 12% PAGE(40:1), 150V/16h./15°~4oC line 1: control DNA lines 2 -5: DNA of LQT patients mt ssDNA: single strand mutant DNA A) Principle of SSCP

SSCP exonu 7 při nálezu změny mobility v multiplex SSCP + ssDNA(wt) Legenda: 12% PAGE (40:1), 150V/16hod./15°C dráhy 1,2,4,5,8: DNA pacientů LQT v rámci jedné rodiny dráhy 3,6,7: DNA zdravých členů rodiny -ssDNA (mt) - ssDNA(wt) 1 2 3 4 5 6 7 8 sekvenace aberantního DNA fragmentu DNA pacienta: nalezená mutace G325R (Gly >Arg) v heterozygotním stavu

ZÁVĚR Presymptomatická diagnoza LQTsy je především založena na prolongaci QT intervalu v EKG. Spektrum QTc intervalů u nemocných a zdravých jedinců se značně překrývá , což může vést k chybné klasifikaci LQTs. Genetický screening je důležitý pro klinickou diagnózu a léčbu LQTs. Přítomnost mutace odliší jedince s rizikem vývoje choroby a identifikuje odpovědný gen jak v LQT rodinách, tak i u sporadických případů. Screening mutací KVLQT1 genu v našem souboru 27 jedinců odhalil sekvenční změny ve 46% případů. Nalezené sekvenční změny verifikované sekvenační analýzou shrnuje tabulka 2. Práce je podpořena grantem IGA MZ NA 5718-3

Tab.2: Spektrum mutací zachycených SSCP analýzou KVLQT1/HERG genů u 27 LQT pacientů S6--c: C-terminalní oblast k S6 SNP : single nucleotide polymorphism