0,20,40,60,80 nerovnoměrnost v používání kodónů (  2 ) index využití preferovaných kodónů (CAI) ,84 7,82

substitucí na bázi za 10 9 let přiléhající 5’ oblastnepřekládaná 5’ oblast nedegenerované pozice dvakrát degenerované pozice čtyřikrát degenerované pozice introny netranslatovaná 3’ oblast přiléhající 3’ oblast pseudogeny genypseudogeny

0 0,2 0,4 0,6 0,8 substituce/nukleotid interleukin-6interleukin-2prolaktininterleukin-1  thrombomodulinlaktoferininterleukin 1  IGF vázající proteinaktivátor plasminogen urokinásyalbuminsomatotropininterleukin -7alkalická fosfatáza střevníkortikotropin uvolňující faktorreceptor somatotropinufibrinogen  IGF vázající protein 3inhibitor aktivátoru plasminogenuterminální transferázareceptor TGF  3  -1,4-galatosyl transferázaneurofysin IIneurofysin Iinsulinu podobný růstový faktor 2kyselá fosfatáza typu 5ŕeceptor luteinizačního hormónuproopiomelanokortinalkalická fosfatáza jaterníTGF  1neuroleukin  receptor acetylcholinu cytosolická aspartát aminotransferáza hexokináza Iornitin dekarboxylázaopsinprotein disulfid osomerázaTGF  3laktát dehydrogenáza A aspartát aminotransferáza mitochondriální  receptor acetylcholinuinsulinu podobný růstový faktor 1D2 receptor dopaminutransporter glukozyTGF  2ATP synthetáza  myelin proteolipidkonexinATP synthetáza  karboxypeptidáza

místo vázající antigen nukleotidové záměny (  100) D2 doména DPB vs DPBDPB vs DQBDPB vs DRB DQB vs DQB DQB vs DRB DRB vs DRBDPB vs DPBDPB vs DQBDPB vs DRB DQB vs DQB DQB vs DRB DRB vs DRB

stáří paleontologické (milionů let) stáří molekulární (milionů let) pavián kráva (kalibrační bod) kunovec (vačnatec) kuřealigátor skokan kapr žralok

CBA T2T2 T1T1

0,20,40,60,80 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 synonymní substituce nesynonymní substituce interleukin 6 IGF vázající protein 1 myelin proteolipid protein trombomodulin

possumslepeckřečekmyšmorčeslonkůňpespraselamasrneckrávaovcekrálíklorimakakčlověkkrysa (16) čas (mil. let) a) somatotropin

possummyšslonkůňkočkaprasevelbloudkrávaovcekrálíkmakakčlověkkrysa (13) křeček b) prolaktin čas (mil. let)

x 1 (0,613) x 2 (0,192) x 3 (0,121) člověk krysa slepice

,0005 0,0010 0,0015 0,002 velikost populace substituční rychlost

očekávaný index heterozygotnosti 0,2 1,0 0 0,2 0,6 0,8 1,0 0,4 0,80,60,40 skutečný index heterozygotnosti

0,010, tělesná hmotnost (kg) divergence sekvencí (%/milion let) 0, medvědi koně psi hlodavci primati husy velryby žáby mloci želvy pstruzi mořské želvy žraloci

doba od okamžiku divergence (mil. let) nukleotidové záměny

využítí kodónu (%) silně exprimované geny CUG silně exprimované geny CUACUCUUGUUA CUUCUG slabě exprimované geny CUACUCUUGUUA CUUCUG slabě exprimované geny CUG a) Escherichia colib) Saccharomyces cerevisiae využítí kodónu (%)

substituční rychlost 0 0,05 0,15 0,20 0,10 0,25 0,30 nesynonymní (Kn)synonymní (Ks)Kn/Ks

A 0 B