Vlna odporu, která se rozšířila v českém národě a kterou nezastrašilo ani preventivní zatýkání předpokládaných odpůrců nacismu v rámci akce Albrecht I. (1. září 1939), vyvrcholila masovými demonstracemi 28. října V Praze došlo k rozsáhlým srážkám demonstrantů s okupační mocí, při kterých byl zastřelen dělník Václav Sedláček a smrtelně raněn student medicíny Jan Opletal. 17. listopadu bylo v Praze popraveno bez soudu devět studentských funkcionářů, české vysoké školy byly uzavřeny a do koncentračního tábora bylo odvlečeno na 1200 vysokoškolských studentů. Masová vystoupení proti okupantům vzbudila pozornost a represe okupantů pobouření v celém demokratické světě.

Cílem občanského odboje se stala obnova samostatného Československa. Vojenská odbojová organizace Obrana národa připravovala od začátku války masové ozbrojené vystoupení proti okupantům, národní povstání, ke kterému mělo podle plánů dojít v okamžiku, kdy se přiblíží porážka Německa. Na jaře roku 1940 se občanské odbojové organizace spojily a vytvořily Ústřední vedení odboje domácího- ÚVOD, které tvořili zástupci Petičního výboru Věrni zůstaneme, Obrany národa a Politického ústředí. Občanský odboj přecházel postupně od organizační práce. Vynikajících výsledků dosáhli na tiché frontě českoslovenští zpravodajci, kteří dodávali informace politického, hospodářského i vojenského charakteru do VB i SSSR.

Roku 1941 vyvrcholila aktivita českých odbojových organizací. Došlo k celé řadě stávek, vzrostl počet sabotáží, bylo přerušováno telefonní a telegrafní vedení, poškozována vojenská technika narušována železniční doprava. Bylo vyhlášeno stanné právo, během jehož trvání bylo do ledna 1942 popraveno 500 lidí. Začalo také masové zatýkání, které vážně narušilo ilegální odbojové sítě, v říjnu 1941 byl rozbil i Ústřední národně revoluční výbor Československa. Na pomoc decimovanému domácímu odbojovému hnutí začaly být od poloviny roku 1941 vysílány do protektorátu parašutistické výsadky z VB. Měly za úkol obnovení přerušeného rádiového spojení mezi domácím a zahraničním odbojem, obnovu přetrhaných odbojových a zpravodajských sítí, v některých případech i sabotáž. Zvláštním úkolem byla pověřena skupina Anthropoid, jejíž členové Kubiš a Gabčík provedli 27. května 1942 v Praze atentát na Heydricha. Tento čin sice posílil prestiž Československa ve světě, smrt zastupujícího říšského protektora 4. června byla však úvodem k německým represáliím. Znovu bylo vyhlášeno stanné právo, kterému tentokrát padlo za oběť 1600 lidí. Dalších 3000 osob nacisté povraždili v koncentračních táborech.

Počátkem roku 1943 bylo navíc definitivně rozbito Ústřední vedení odboje domácího a přes snahu řady občanských odbojových organizací se nepodařilo vytvořit nový centrální orgán. Velkým problémem zůstávalo rádiové spojení domácího odboje s československou v Londýně, přestože do protektorátu byla za tímto účelem vysazena celá řada parašutistických výsadků. Příčinou oslabení odbojového hnutí byly především zásahy nacistického bezpečnostního aparátu, jehož nejvýznamnější složkou bylo gestapo, tajná státní policie. Němci měli k dispozici zkušený kvalifikovaný personál, vybavený moderními technickými prostředky.