Populační genetika je teoretickým základem šlechtění hospodářských zvířat; umožňuje sledování frekvencí genů a genotypů a tím i cílevědomé řízení změn ve složení populace; umožňuje začleňovat do praktických postupů šlechtění nejnovější poznatky molekulární genetiky, biologie, fyziologie atp.; její rozvoj úzce souvisí s pokrokem v oblasti výpočetní techniky, biometriky, matematiky, biotechnologií atd.

Z genetického hlediska je významné třídění znaků a vlastností na: kvalitativní ovlivňovány geny velkého účinku (majorgeny) nejsou ovlivněny vnějším prostředím fenotypově mohou být jedinci rozděleni do zřetelně odlišných tříd na základě kvalitativních rozdílů (např. rohatost x bezrohost, tvar hřebínku, krevní skupiny) = nespojitá, diskontinuitní proměnlivost jejich dědičnost se řídí zásadami mendelismu (štěpné poměry)

b) kvantitativní jsou podmíněny geny malého účinku (polygeny) na jejich projev má vliv vnější prostředí podle fenotypu jedince nelze rozdělit do vyhraněných tříd = kontinuitní, spojitá proměnlivost jejich proměnlivost vyjadřujeme četnostním rozdělením pro jejich analýzu využíváme příslušné statistické metody řadíme sem většinu užitkových vlastností (dojivost, produkce masa, vajec, vlny atd.)

Proměnlivost kvantitativních znaků a vlastností kvantitativní znaky a vlastnosti tvoří z hospodářského hlediska významnější skupinu než znaky kvalitativní jejich proměnlivost je ovlivněna prostředím prostředí = realizační činitel, neboť ovlivňuje realizaci daného genetického základu genotyp + prostředí = fenotyp G + E = P

Fenotypová proměnlivost je funkcí genotypu a prostředí P = G + E jednotlivé členy rovnice vyjadřujeme zpravidla jejich rozptyly (variancemi): σP2 = σG2 + σE2 genetickou i prostřeďovou proměnlivost lze ještě dále členit na příčinné složky:

Složky fenotypové proměnlivosti

σA2 - aditivní genetická proměnlivost nejdůležitější složka genetické variance je podmíněna účinkem 1 alely konkrétního lokusu je výsledkem aditivního působení genů, které je hlavní příčinou podobnosti mezi příbuznými jedinci aditivní genotypová hodnota odpovídá plemenné hodnotě aditivní genotypová hodnota je dána jako součet průměrných efektů jednotlivých genů nalézajících se u konkrétního sledovaného jedince

σD2 - variance podmíněná dominancí je dána vzájemným vztahem alel jednoho alelického páru σI2 - variance podmíněná interakcí (epistáze) je dána vzájemnými vztahy mezi dvěma a více lokusy Variance podmíněná dominancí a interakcí se také často označuje souhrnně jako variance neaditivní.

σEt2 - variance podmíněná dočasně (temporálně) σEp2 - variance podmíněná trvale (permanentně) působícími vlivy prostředí tato složka je společná všem jedincům v populaci označuje se i jako variance obecného prostředí je podmíněna stálými, nelokalizovanými podmínkami prostředí σEt2 - variance podmíněná dočasně (temporálně) působícími vlivy prostředí je výsledkem konkrétních podmínek prostředí působících jen v určitém čase a prostoru označuje se také jako variance speciálního prostředí společná pouze části populace

σGE2 - variance podmíněná interakcí genotypu a prostředí je výsledkem vazby mezi genotypem a prostředím interakce mezi genotypem a prostředí existuje, pokud se různé genotypy realizují v různém prostředí odlišně (seřadíme-li genotypy produkující v určitém prostředí podle hodnoty znaku do vzestupné řady a bude-li existovat interakce GE, pak tytéž genotypy budou v kvalitativně odlišném prostředí vykazovat jiné pořadí) vztah mezi genotypem a prostředím se vyjadřuje zpravidla jako jejich kovariance příslušná rovnice pak má tvar σP2 = σG2 + σE2 + 2covGE