Ú STAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V B RNĚ.

Slides:

Advertisements

Podobné prezentace

Analýza signálů - cvičení

Advertisements

Digitální reprezentace

Báze Struktura NK DNA RNA konec.

1 TECHNOLOGICKÉ POZADÍ LASEROVÝCH SPOJŮ …aneb Od bezdrátu ke drátu (a zpět) vol. 4 Roman K. Onderka Kam kráčí bezdrátové sítě Morava a Slovensko Přerov,

MATHCAD Jiří Petržela icq

Molekulární základy dědičnosti

*Zdroj: Průzkum spotřebitelů Komise EU, ukazatel GfK. Ekonomická očekávání v Evropě Březen.

GENETIKA NUKLEOVÉ KYSELINY DNA, RNA

Geometrické znázornění kmitů Skládání rovnoběžných kmitů

Spektra zatížení Milan Růžička 1 Dynamická pevnost a životnost

Diagnostika pacientů s Parkinsonovou chorobou Jan Doležel Vedoucí práce: Ing. Miroslav Skrbek Ph.D.

Využití časových řad v analýze dat

Základní genetické pojmy – AZ kvíz

Ručně vyráběný kalendář 2014 »» výsledky hlasování ««

ROZHODOVACÍ PROCESY PRO VÍCECESTNÉ TELEMATICKÉ APLIKACE Filip Ekl

Vytvoření stabilní pružné smyčky Creation of Stable Elastic Loop Petr Frantík F AKULTA STAVEBNÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V B RNĚ.

Praktikum základů genomiky, zima 2007 Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Laboratoř funkční genomiky a proteomiky.

Odpovědi na otázky Praha 2007 Bc. Dalibor Barri ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE Fakulta elektrotechnická Katedra mikroelektroniky.

Mgr. Marek Pavlů Katedra Experimentální Fyziky 1 Modelování a simulace, Mgr. Marek Pavlů.

Gymnázium, Havířov-Město, Komenského 2, p.o

Výukový matriál byl zpracován v rámci projektu OPVK 1

Kalibrační křivka, produkce charmu v EAS

Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ.

projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ předpověď počasí na 13. května 2014.

METROPOLITNÍ PŘENOSOVÝ SYSTÉM

projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ

Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. Předpověď počasí na

1 | Kaspersky Endpoint Security Přehled. 2 | Kaspersky Endpoint Security Kaspersky Endpoint Security for Windows Kaspersky Endpoint Security for Mac Kaspersky.

Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není – li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.

Startegie a perspektivy trhu s biopalivy v ČR Česká zemědělská universita, Praha, listopad Česká asociace petrolejářského průmyslu a obchodu.

Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ.

1 Registrovaná (detekovaná) intenzita Polarizační faktor  22  z =  /2-2   y =  /2 x z Nepolarizované záření.

Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není – li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.

Seminář C cvičení STL, Trolltech Ing. Jan Mikulka.

1 Střední škola technická a gastronomická Blansko škola moderních technologií 65 roků od založení školy.

PŘENOSOVÉ CESTY (c) Tralvex Yeap. All Rights Reserved.

Strana 1 © Vema, a. s., 7. dubna 2015 Intranetová řešení v PIS DS -Personalis 2005.

Digitální zpracování obrazu

Vliv okrajových podmínek při modelování tlakové zkoušky Ú STAV STAVEBNÍ MECHANIKY F AKULTA STAVEBNÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V B RNĚ Petr Frantík Zbyněk.

Technické aspekty a metody počítačového zpracování signálu EKG

Diskrétní Fourierova transformace

ZPRACOVÁNÍ A ANALÝZA BIOSIGNÁLŮ

Nukleové kyseliny Struktura DNA a RNA Milada Roštejnská Helena Klímová

Využití biosignálů v asistivních technologiích

Vibroakustická diagnostika

NUKLEOVÉ KYSELINY A JEJICH METABOLISMUS

Okénková Fourierova transformace střední široké úzké.

Realtime identifikace osob podle hlasu

Komplexní modelování lomu a velkých deformací Complex modelling of fracture and large deformations Petr Frantík F AKULTA STAVEBNÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ.

Dolce: Databáze lokálních konformací DNA

Datová fúze satelitní navigace a kompasu

Dynamika velkých deformací štíhlých konstrukcí metodami fyzikální diskretizace Petr Frantík Ú STAV STAVEBNÍ MECHANIKY F AKULTA STAVEBNÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ.

Fakulta biomedicínského inženýrství, ČVUT v Praze, nám. Sítná 3105, Kladno Modernizace výukových postupů a zvýšení praktických dovedností a návyků.

Fyziologie reprodukce a základy dědičnosti FSS 2009 zimní semestr D. Brančíková.

Model lidského zraku pro hodnocení kvality obrazu

Okénková Fourierova transformace waveletová transformace translace, dilatace a > 0,  R   R.

© Institut biostatistiky a analýz ZPRACOVÁNÍ A ANALÝZA BIOSIGNÁL Ů prof. Ing. Jiří Holčík, CSc.

NUKLEOVÉ KYSELINY (NK)

Elektrotechnická fakulta ČVUT KATEDRA KYBERNETIKY Vedoucí prof. Ing. Vladimír Mařík, DrSc. KATEDRA KYBERNETIKY ELEKTROTECHNICKÁ.

2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/

Elektrotechnická fakulta ČVUT KATEDRA KYBERNETIKY Vedoucí prof. Ing. Vladimír Mařík, DrSc. KATEDRA KYBERNETIKY ELEKTROTECHNICKÁ.

Elektronické zesilovače

Doc. Vladimír Rogalewicz, CSc. CzechHTA, České vysoké učení technické v Praze Fakulta biomedicínského inženýrství, Kladno Využití.

Metody analýzy mikroorganismů II

Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..

Fylogenetická evoluční analýza

Molekulární základy genetiky

BIOLOGICKÉ A LÉKAŘSKÉ SIGNÁLY

Transkript prezentace:

Ú STAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ V YSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V B RNĚ

Proč? 2 současná genomika počet sekvencí v GenBank Duben 2014: počet kompletních prokaryotních genomů: ̴3000

3 sekvencesignál genomický signál Proč? numerická mapa: sekvence -> signál

4 genomický signál Fakta! 4 nukleotidy -> nativně 4D signál různé formy redukce dimenzionality Z křivka spektrogram

5 nukleotidový čtyřstěn Adenin Guanin Thymin Cytosin slabá-silná (x) amino-keto (y) puriny-pyrimidiny (z) Fakta!

6 komplexní reprezentace z x Im Re +1 +j -j puriny pyrimidiny slabá silná amino keto a = 1 + j g = -1 + j c = -1 - j t = 1 - j GA TC ϕ ϕ a = π/4ϕ g = 3π/4 ϕ c = -3π/4 ϕ t = -π/4

Jak? 7 kumulovaná fáze suma fází od 1. po aktuální nukleotid v sekvenci nukleotid kumulovaná fáze [rad] Sequence:AGTACC

Proč? 8 prokaryota: analýza signálů přiblížené Fourierovo spektrum kumulovaná fáze E. coli vzorkovací frekvence f vz je dána délkou genomu

Jak? 9 prokaryota: analýza signálů DWT.. dyadická vlnková transformace Haarova vlnka redundantní pásma

Výsledky! 10 prokaryota: podvzorkování podvzorkované signály podvzorkovací (kompresní) faktor 1 : 2 14 chyba způsobená podvzorkováním

Výsledky! 11 prokaryota: zarovnání DTW.. dynamické borcení časové osy

Výsledky! 12 prokaryota: klasifikace UPGMA dendrogramy (a) celogenomové signály (b) 16S rRNA znakové zpracování Betaproteobacteria 1 Thermococci 2 Bacilli 3 Gammaproteobacteria 4

Jak? 13 eukaryota: analýza signálů kumulované fáze genu ACTA1 detrendizované kumulované fáze genu ACTA1 detrendizace

Výsledky! 14 eukaryota: zarovnání zarovnání pomocí DTW výpočetní čas v závislosti na podvzorkování změna vzdáleností OTU na stupni podvzorkování

Výsledky! 15 eukaryota: klasifikace UPGMA dendrogramy (a) signálové zpracování (b) znakové zpracování mammals: euarchontoglires laurasiatheria

Fakta! 16 shrnutí zcela nové a výhodné postupy masivní podvzorkování s minimální ztrátou informace, možnost využití ztrátové komprese výrazné ušetření výpočetního času nepoužívá skórovací matice

děkuji za pozornost Sedlar, K., Skutkova, H., Vitek, M. & Provaznik, I.: Prokaryotic DNA Signal Downsampling for Fast Whole Genome Comparison. Information Technologies in Biomedicine, Volume 3. pp. 373 – 383 (2014) Skutkova, H., Vitek, M., Babula, P., Kizek, R. & Provaznik, I.: Classification of genomic signals using dynamic time warping. BMC Bioinformatics, vol. 14, Suppl 10, S1 (2013)