David Skupien Peter Tóth Orthomyxoviridae David Skupien Peter Tóth

Biologický úvod Skupiny virů Typy a podtypy virů chřipky Jak vypadá a funguje virus chřipky

Skupiny virů Dělí se na 7 skupin (tříd) podle svého genetického materiálu Třída I – viry s dvouvláknovou DNA Třída II – viry s jednovláknovou DNA Třída III – viry s dvouvláknovou RNA Třída IV – viry s jednovláknovou RNA (tvořená mRNA je identická s genomem) Třída V – viry s jednovláknovou RNA (tvořená mRNA je komplementární s genomem) Třída VI – retroviry, viry s jednovláknovou RNA, ale v jejich rozmnožovacím cyklu je i stadium DNA

Typy chřipkových virů Typ A Typ B Typ C Nejobvyklejší, často mutující typ Typ B Typ napadající výhradně člověka (ze zvířat byl objeven pouze u tuleňů). Nižší pravděpodobnost mutace než u typu A Tělo si většinou po prvním nakažení udělá protilátky na delší dobu Typ C Typ napadající hlavně člověka a prasata Není příliš častý a u dospělých má těžký průběh

Chřipka typu A Dělí se na varianty a podtypy Jména variant jsou nejčastěji uváděna podle druhu zvířat, které napadají (ze kterého byl odebrán vzorek) Ptačí chřipka, prasečí, lidská, … Podtypy Například H1N1, H3N8,… 15 podtypů H 9 podtypů N Dále se dělí podle stupně hrozby epidemie LP (low pathogenic), HP (highly pathogenic)

Podtypy Nejčastější typy sezonní chřipky Zhruba od roku 2003 je u lidí dominantní H3N2 Proto se dnes H1N1 říká prasečí (je to ale zavádějící) Například španělská chřipka byla typu H1N1

Jak vypadá virus chřipky? Obsahuje 8 genů kódujících 11 proteinů Kódované nepárovou RNA

Proč se vědci bojí prasečí nebo ptačí chřipky? 1/2 Chřipka typu A má obrovskou schopnost mutace Typy chřipky (např. H1N1) definují pouze typ obalu H = HA – hemaglutinin N = NA – neuraminidáze Obsah pouzdra?

Proč se vědci bojí prasečí nebo ptačí chřipky? 2/2 Typ obalu (hemaglutininu a neuraminidázy) určuje schopnost viru napadnout buňku (kompatibilitu s buněčnou membránou a následné vylití obsahu viru do prostoru buňky)

Mutace virů

Náš cíl Vzít virus prasečí chřipky a nalézt podobnosti s jinými chřipkami Ale! Jak rozlišit prasečí chřipku od té klasické?

Metodika testování 1. Posbírat co nejvíce vzorků z celého světa 2. Porovnat s virem izolovaným z českého hostitele Geny není třeba hledat Každý je v kompaktním úseku RNA Stačí je pouze přímo porovnat Použili jsme porovnání pomocí komprese a následně vypočítali vzdálenost

První test 1/2 V mediích kolují zvěsti, že byl virus prasečí chřipky uměle vytvořen Je to mix různých virů z celého světa HA - Hemagglutinin typu 1 (nebo H1) NA - Neuraminidáza typu 1, prasečí (N1), Evropa PA - RNA polymeráza, ptačí, Severní Amerika PB1 - RNA polymeráza, lidská, chřipka typu H3N2 z roku 1993 PB2 - RNA polymeráza, ptačí, Severní Amerika NP - nukleoprotein; prasečí, Severní Amerika M - matrix protein M1 M2; prasečí, Euroasie NS/NEP - nestrukturovaný protein NS1; NEP Nuclear Export Protein; prasečí, Severní Amerika

První test 2/2 Některé podobnosti se potvrdily ale ne všechny Odborníci testovali na mnohem větší databázi

Druhý test 1/2 V druhém testu jsme porovnali virus H1N1 izolovaný v České republice s různými zeměmi na celém světě Všechny vzorky jsou z konce roku 2009

Druhý test 2/2 Drobné mutace, žádné razantní odlišnosti Rusko má nejodlišnější variantu od té naší