Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Bioinformatika (pro LF, 2008) Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

centrální dogma molekulární genetiky DNA RNA protein transkripce reverzní translace replikace centrální dogma click: reverzní transkripce click: informce -> funkce informace funkce

post-genomická éra nové paradigma současné molekulární biologie: tradiční výzkum byl založen na hypotézách moderní výzkum je založen na datech (bottom up approach)

obory a metody Genomika: stanovení kompletní sekvence DNA a její interpretace (co genom obsahuje) teoretické možnosti organizmu Transkriptomika: kompletní set mRNA v buňce, co a kdy je z genomu aktivováno řízení organizmu Proteomika: kompletní set proteinů aktuálně v buňce, jakou mají funkci a jak spolupracují práce (život) organizmu Metabolomika: kompletní set metabolitů aktuální stav organizmu základní pojmy, jednotky. (paralogy: homology uvnitř jednoho genomu)

úrovně kontroly počet genů  úroveň mRNA  úroveň genové exprese  množství a efektivní účinnost proteinu funkční proteinový produkt genomická sekvence mRNA protein translační kontrola transkripční kontrola post-translační kontrola

problémy bioinformatiky data: heterogení rozprostřená přístupná (nebo ne) veřejná vs komerční vs vlastní nekompletní redundantní znečištěná

problémy bioinformatiky slovník: např autoři: John B. Smith J. B. Smith JB Smith Smith, John B Smith, JB Smith JB Smith J B

Zdroje dat na internetu (pro LF, 2008) Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

Social bookmarking

ncbi

ncbi

ncbi

entrez search syntax General syntax: search_term [tag] boolean_operator search_term [tag] [AD] Affiliation [ALL] All fields [AU] Author name [RN] Enzyme Commission or Chemical Abstract Service numbers [EDAT] Entrez date [IP] Issue of joumal [TA] Jornal ISSN number [LA] Language

entrez search syntax [MAJR] MeSH major topic [MH] MeSH terms (Controlled vocabulary of biomedical terms. MeSH stands for medical subject heading.) [SH] Subheading (Used to modify MeSH Terms) [PS] Personal name as subject [DP] Publication date [PT] Publication type [NM] Substance name [TW] Text words [UID] Unique identifiers (PMID/MEDLINE numbers) [VI] Volume of journal

ncbi books

books @ ncbi

books @ ncbi

books @ ncbi

Biobar – toolbar for firefox

genome browser

genome browser

genome browser

genome browser

genome browser

genome browser

Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Priony (pro LF, 2008) Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

prion infekční proteinová částice (analogie virionu) všechny nemoci způsobují poškození mozku nebo jiné nervové tkáně jsou neléčitelné a smrtelné Pruisner, SB (1982), "Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie", Science, vol. 216, no. 4542, p. 136-44 (pronounciation is explicitly defined as "pree-on" on page 141, third column)

nemoci u člověka různé Creutzfeldt-Jakobovy choroby (CJD) Variant CJD Iatrogenic CJD Familial CJD Sporadic CJD Alpers Syndrome Kuru (Laughling death disease) Fatal Familial Insomnia (FFI) Gerstmann-Sträussler-Scheinker syndrom (GSS)

nemoci u zvířat Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE, nemoc šílených krav) scrapie (svědivka - ovce) Transmissible mink encephalopathy (TME, norek) Chronic Wasting Disease (CWD) (vysoká) Feline spongiform encephalopathy (kočky) Exotic ungulate encephalopathy (EUE) (antilopy)

mechanismus PrP (protease resistent protein) gen PRNP PrPc (cellular) PrPSc (scrapie) gen PRNP obsahuje Q/N (glutamin/asparagin) bohatou oblast amyloidní agregace

struktura C-konce PrP

mechanismus propagace

testování BSE v ČR rok analýz 2001 114 446 2002 175 435 2003 210 456 2004 200 873 2005 170 857 2006 * 101 044 více než milion analýz, počet pozitivních výsledků: 24

kontakt Jan Pačes S E P A C www: http://bio.img.cas.cz email: hpaces@img.cas.cz icq: #110872370 irc: efnet #hpaces tel: +420 220183446