Determining the Sequence of DNA

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
Advertisements

Podpora rozvoje cizích jazyků pro Evropu 21. stol. INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním.
Budoucí čas „to be going to“
Základní technická terminologie Poznámka: značka * za slovem znamená pokračování kliknutím, zbytek je načasován.
Evoluce Katalýza. © 2011 Nature Publishing Group. Published by Nature Publishing Group.2 Figure 1 Rapid evolutionary innovation during an Archaean.
ŠKOLA: Gymnázium, Tanvald, Školní 305, příspěvková organizace ČÍSLO PROJEKTU: CZ.1.07/1.5.00/ NÁZEV PROJEKTU: Šablony – Gymnázium Tanvald ČÍSLO.
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_14_AJ_FT Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
Daniel.steigerwald.cz Třídy, dědičnost a OOP v Javascriptu.
Tutorial: Mechanic - electrician Topic: Electric measurement the 2nd. year Measuring devices 1 Prepared by: Ing. Jiří Smílek Projekt Anglicky v odborných.
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_14_AJ_CM Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
Lada Leszkowová, Gymnázium K.V. Raise Hlinsko, 2014 leden
AS A MAN THINKETH an interactive listen, read and repeat book for learning American English A NEW EDITION OF JAMES ALLEN’S CLASSIC edited by Robert Silber.
Unit One TO BE To Have. To Be / být  I am  You are  He, she,it is  We are  You are  They are  Já jsem  Ty jsi  On, ona,ono je  My jsme  Vy.
Jazyk a jazyková komunikace Cizí jazyk Komunikace Shopping VY_22_INOVACE_36 Sada 2 Základní škola T. G. Masaryka, Český Krumlov, T. G. Masaryka 213 Vypracoval:
Počítačová grafika pro inženýry - CAD systémy pro DTP - znaky, stránky, dokumenty, tisk, osvitové jednotky pro manažery - obrázky, interpretace pro autory.
Halloween 2 1. slovní zásoba Halloween – opak., kontrola podle obr. (PPT) 2. tvoření věty oznamovací a otázky s danými slovy 3. říkanka Jack-O-Lantern,
Čtěte a přeložte: Mother is at home. Matka je doma.
Píseň “ABC” Reakce?. Kdo je tady? Kdo má domácí úkol?
Nakupováníe Anotace: Žáci si v prezentaci osvojí základní fráze na téma Nakupování, což je podpořeno vizuálně a sluchově. Žáci si procvičí čtení a dále.
Abba – poslech, práce s textem.
Digitální výukový materiál zpracovaný v rámci projektu „EU peníze školám“ Projekt:CZ.1.07/1.5.00/ „SŠHL Frýdlant.moderní školy“ Škola:Střední škola.
? PRESENT SIMPLE OR PRESENT CONTINUOUS. PRESENT SIMPLE PŘÍTOMNÝ ČAS PROSTÝ We read a lot. We read every day. We usually read books of fiction. Our friend,
HEJ, HEJ, MY VÍRU MÁME Say, Say, Say you believe it ZPÍVEJ, ŽE SVĚTU JI DÁME Sing for, The whole world to hear it VÍME A VYZNÁVÁME We know and we declare.
There is….. There are….
Tutorial: Engineering technology Topic: Casting to temporary forms Prepared by: Ing. Elena Nová Projekt Anglicky v odborných předmětech, CZ.1.07/1.3.09/
Předpřítomný čas Autorem materiálu a všech jeho částí, není-li uvedeno jinak, je Ondřej Hoberla. Dostupné z Metodického portálu ISSN:
Jméno autora:Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu:VY_32_INOVACE_06_AJ_ACH Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast: Jazyk a jazyková.
Modal Verbs = způsobová slovesa.
Čím pojedete na dovolenou ? Co takhle autíčkem ?.
Podpora rozvoje cizích jazyků pro Evropu 21. stol. INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním.
Jméno autora: Mgr. Olga Bayerlová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_18_AJ3E Ročník: II. Anglický jazyk Vzdělávací oblast: Jazyk a jazyková.
Jazyk a jazyková komunikace Cizí jazyk Komunikace Zjisti, o čem se mluví 1 VY_22_INOVACE_26 Sada 2 Základní škola T. G. Masaryka, Český Krumlov, T. G.
Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není –li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.
Nové modulové výukové a inovativní programy - zvýšení kvality ve vzdělávání Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem.
Transport of reacting species Transformation and degradation processes – additional members in the ADE equation Sources and losses- intensity of production.
 Hra je určená pro dvě družstva nebo dva žáky – žluté x zelené  Po kliknutí na tlačítko s číslicí se zobrazí otázka, s otázkou se zároveň zobrazí napovídající.
Setkání uživatelů SFX Statistické reporty SFX.
Maturita oral exam rehearsal Lada Leszkowová, GKVR Hlinsko, 2013 prosinec The Czech Republic.
Maturita oral exam rehearsal Lada Leszkowová, GKVR Hlinsko, prosinec 2013.
Travelling Maturita oral exam rehearsal
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_01_AJ_EP Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
Tento výukový materiál vznikl v rámci Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost 1. KŠPA Kladno, s. r. o., Holandská 2531, Kladno,
Číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiáluVY_32_INOVACE_178 Název školyGymnázium, Tachov, Pionýrská 1370 Autor Mgr. Eleonora Klasová Předmět.
Jméno autora:Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_02_AJ_ACH Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast: Jazyk a jazyková.
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu VY_32_INOVACE_ 007 Název školy Gymnázium, Tachov, Pionýrská 1370 Autor Mgr.Stanislava Antropiusová.
Pracovní list - pro tisk Vloženo z stress.pptx Začátek.
Podpora rozvoje cizích jazyků pro Evropu 21. stol. INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním.
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
Základní škola Jakuba Jana Ryby Rožmitál pod Třemšínem Efektivní výuka pro rozvoj potenciálu žáka projekt v rámci Operačního programu VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST.
Sport By Dagmar Machů Škola: SOU Valašské Klobouky Ročník: Nástavbové studium Podnikání 2 Název projektu: Zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Předmět:
Tutorial: Obchodní akademie Topic: Logical Functions Prepared by: Mgr. Zdeněk Hrdina Projekt Anglicky v odborných předmětech, CZ.1.07/1.3.09/ je.
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_09_AJ_EP Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
Název a adresa školy: Střední odborné učiliště stavební, Opava, příspěvková organizace, Boženy Němcové 22/2309, Opava Název operačního programu:OP.
y.cz Název školyStřední odborná škola a Gymnázium Staré Město Číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ AutorMgr. Roman Chovanec Název šablonyIII/2.
 Základní škola a mateřská škola, Svoboda nad Úpou, okres Trutnov  Bc. Lucie Ševčíková  VY_22_INOVACE_2.2.2 AJ8,9g_18  Téma: Grammar game 
Název školy : Základní škola a mateřská škola, Svoboda nad Úpou, okres Trutnov Autor : Bc. Lucie Ševčíková Datum : Název : VY_22_INOVACE_2.2.2.
Chytrá volba pro podnikání René Keyzlar Operator Channel Lead 1/3/2012.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: B2 – Verbs – Computers Číslo vzdělávacího materiálu: ICT12-19 Šablona: III/2 Inovace a zkvalitnění.
Listening VY_32_INOVACE_AJ_2_60 Multiple choice Číslo projektu: CZ.1.07./1.5.00/ Název projektu: Zlepšení podmínek pro vzdělávání na SUŠ, Ostrava.
Gymnázium, Brno, Elgartova 3 GE - Vyšší kvalita výuky CZ.1.07/1.5.00/ III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Téma: English Grammar.
Word order Střední škola pedagogická, hotelnictví a služeb, Litoměřice, příspěvková organizace Litoměřice, Komenského 3 Autor: Pavel Vágai.
Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu OPVK
Jiří Šafr jiri.safr(AT)seznam.cz Poslední aktualizace 25/6/2014
GE - Vyšší kvalita výuky
DIGITÁLNÍ UČEBNÍ MATERIÁL
Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu OPVK
Digitální učební materiál
Introduction to MS Dynamics NAV (Expected Costs)
DIGITÁLNÍ UČEBNÍ MATERIÁL
In The Year Nejde vložit do pptx – nutno přes prohlížeč.
Transkript prezentace:

Determining the Sequence of DNA Methods: Chain termination or dideoxy method F. Sanger Shotgun sequence method 2nd generation sequence methods Pyrosequencing

Frederick Sanger The Nobel Prize in Chemistry 1958 Sequentiation of NA Frederick Sanger The Nobel Prize in Chemistry 1958 "for his work on the structure of proteins, especially that of insulin”

Chain Termination with ddNTP

Sekvenování nukleových kyselin Určení sekvence (pořadí) nukleotidů úseků DNA a RNAo několika stech bazí se provádí nejčastěji na principu konvenční Sangerovy metody (dideo-xynukleotidová, ddNTP reakce) nebo nověji pomocí cyklického sekvenování na termocykleru bez nutnosti alkalické denaturace. Označené produkty sekvenační reakce se rozdělí a detekují na sekvenačním gelu pomocí elektroforézy. Původní metoda vyžadovala 4 samostatné sekvenační reakce a také samostatné dělení při elektroforéze pro každý jednotlivý nukleotid. Metoda má čtyři fáze: přiložení primeru k analyzovanému fragmentu DNA, označení primeru, prodlužování primeru o další komplementární baze syntézou pomocí T7 DNA polymerasy, ukončení reakce inkorporací dideoxynukleotidu. Značení primerů se provádělo pomocí radioizotopů. Sekvenační 5% polyakrylamidový gel je denaturační (např. 7 mol/l urea), obvykle 0.3 mm silný, separační vzdálenost 50 cm, TBE pufr. Parametry zdroje pro separační rychlost asi 100 bazí za hodinu jsou 60 W (1900 V, 45 mA). Moderní sekvenování je plně automatizováno. Místo radioaktivního značení se používá značení fluoresceinem, místo značení primerů se používá značení terminátorů reakce (ddNTP), reakce se provádí na termocykleru pomocí Taq DNA polymerasy, všechny čtyři reakce je možno provést v jedné zkumavce a elektroforetické dělení je také z jednoho vzorku. Laserová detekce emise čtyř různých fluorescenčních barev se provádí pomocí fotonásobiče a velmi citlivého detektoru přímo z gelu. Počítačem je řízený posuv, fokusace, optimální laserový paprsek a vyhodnocení získaných dat. K dispozici je specializovaný software.

Automated DNA Sequencing Smith et al. 1986 DNA molecules labeled with fluorescent dyes Products of dideoxy-sequencing reactions separated by gel electrophoresis Dye molecules are excited by laser beam Fluorescent signals are amplified and detected by Photomultiplier tubes (CCD Camera) Computer software identifies each nucleotide based on the distinctive color of each dye

Pyrosequencing Note: No actual houses are burned down in

Pyrosequencing (Life Sciences / Roche 454) A luciferase is an enzyme which emits light in the presence of ATP. Several organisms, such as the American firefly and the poisonous Jack-o-lantern mushroom, produce luciferases.

Emulzní PCR jako první krok k přípravě knihovny k pyrosekvenaci

Sequencing by synthesis Advantages: Accurate Parallel processing Easily automated Eliminates the need for labeled primers and nucleotides No need for gel electrophoresis

Detecting polymerase activity Recall: Pyrophosphate is also known as PPi, also known as “two phosphate groups stuck together”. During replication, each addition of a dNTP releases pyrophosphate In the reaction mixture, PPi allows adenosine phosphosulfate (APS) to be converted to ATP; this ATP allows luciferase to luciferate (emit light). Measures strand extension as it happens

Pyrosequencing cycle Add dATP. If light is emitted, your sequence starts with A. If not, the dATP is degraded (or elutes past immobilized primer). Add dGTP. If light is emitted, the next base must be a G. Then add T, then C. You now know at least one (maybe more) base of the sequence. Repeat!

Pyrosequencing output Runs of bases produce higher peaks – for instance, the sequence for (a) is GGCCCTTG. Sample (c) comes from a heterozygous individual (hence the heights in multiples of ½)