1 DFT a empirické modely interakcí v Monte Carlo simulacích klastrů molekul vody Lenka Ličmanová 28.5.2010.

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
O historii poznatků o stavbě atomu
Advertisements

Polovodiče typu N a P Si Si Si Si Si Si Si Si Si
MAGNETICKÉ VLASTNOSTI LÁTEK
Lekce 7 Metoda molekulární dynamiky I Úvod KFY/PMFCHLekce 7 – Metoda molekulární dynamiky Osnova 1.Princip metody 2.Ingredience 3.Počáteční podmínky 4.Časová.
PROCVIČOVÁNÍ spustíte klávesou F5
Historie chemie E = m c2 Zákon zachování hmoty:
Difuze kapalných směsí pomocí molekulárních simulací
ENERGIE KLASTRŮ VODY ZÍSKANÁ EVOLUČNÍMI ALGORITMY
Lekce 12 Metoda Monte Carlo III Technologie (kanonický soubor)
Lekce 1 Modelování a simulace
Lekce 9 Metoda molekulární dynamiky III Technologie Osnova 1. Výpočet sil 2. Výpočet termodynamických parametrů 3. Ekvilibrizační a simulační část MD simulace.
Lekce 6 Slabé mezimolekulové interakce Osnova 1. Původ a význam slabých mezimolekulových interakcí 2. Předpoklad párové aditivity 3. Modely párových interakčních.
Lekce 2 Mechanika soustavy mnoha částic
Shrnutí z minula. Spin Co to je? Jaké jsou vlastní funkce a vlastní hodnoty operátoru spinu pro elektron? Pauliho vylučovací princip spinorbitál.
Teoretická výpočetní chemie
David Kramoliš Vedoucí práce: Doc. RNDr. René Kalus, Ph.D.
7.3 Elektrostatické pole ve vakuu Potenciál, napětí, elektrický dipól
Molekulová dynamika.
CELÁ ČÍSLA.
Měříme elektrické napětí
4.4 Elektronová struktura
Kalibrační křivka, produkce charmu v EAS
Tento výukový materiál vznikl v rámci Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost 1. KŠPA Kladno, s. r. o., Holandská 2531, Kladno,
Získávání informací Získání informací o reálném systému
Studium dynamiky jádro-jaderných srážek pomocí korelační femtoskopie na experimentu STAR Jindřich Lidrych.
6 Kvantové řešení atomu vodíku a atomů vodíkového typu
Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. Předpověď počasí na
II. Statické elektrické pole v dielektriku
Název materiálu: OPAKOVÁNÍ 1.POLOLETÍ - OTÁZKY
Radiální elektrostatické pole Coulombův zákon
IONIZAČNÍ POTENCIÁLY A FÁZOVÉ PŘECHODY KLASTRŮ ARGONU
Shrnutí z minula Molekulová mechanika/dynamika
1 Analýza podmínek fragmentace tetrameru argonu Ar 4 Zpracoval:Tomáš Janča (student Bc., M-F) Vedoucí práce:Ing. Ivan Janeček,CSc.
Miroslav Luňák Vlastnosti vrstev a struktur na bázi a-Si:H
1 Registrovaná (detekovaná) intenzita Polarizační faktor  22  z =  /2-2   y =  /2 x z Nepolarizované záření.
VÝVOJ PŘEDSTAV O STAVBĚ ATOMU
Elektrický proud v látkách
Richard Lipka Katedra informatiky a výpočetní techniky Fakulta aplikovaných věd Západočeská univerzita, Plzeň 1.
Atom Molekula Iont RZ
Mechanika tuhého tělesa
Nekovalentní interakce Mezimolekulové interakce
VII. Neutronová interferometrie II. cvičení KOTLÁŘSKÁ 7. DUBNA 2010 F4110 Kvantová fyzika atomárních soustav letní semestr
Konvergenční testy Bc. Jakub Malohlava. Simulace  Monte Carlo  výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců  parallel tempering.
Chemická vazba v látkách III
OBSAH PŘEDMĚTU FYZIKA Mgr. J. Urzová.
Název materiálu: OPAKOVÁNÍ 1.POLOLETÍ - OTÁZKY
Elektrické pole Elektrický náboj, Elektrické pole
Chemická vazba Vazebné síly působící mezi atomy
MODEL ATOMU Dostupné z Metodického portálu ISSN:  , financovaného z ESF a státního rozpočtu ČR. Provozováno Výzkumným ústavem pedagogickým.
Jak pozorujeme mikroskopické objekty?
Tento výukový materiál vznikl v rámci Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost 1. KŠPA Kladno, s. r. o., Holandská 2531, Kladno,
Mezimolekulové síly Johannes Diderik van der Waals ( – ) 1910 – Nobelova cena (za práci o stavové rovnici plynů a kapalin)
Elektrotechnologie 1.
Mezimolekulové síly.
Mezimolekulové síly.
Monte Carlo simulace Experimentální fyzika I/3. Princip metody Problémy které nelze řešit analyticky je možné modelovat na základě statistického chování.
Číslo projektu: CZ.1.07/1.4.00/ Číslo smlouvy: 4250/21/7.1.4/2011 Číslo klíčové aktivity: EU OPVK 1.4 III/2 Název klíčové aktivity: Inovace a zkvalitnění.
Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není –li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.
FS kombinované Mezimolekulové síly
Struktura atomu a chemická vazba
Monte Carlo simulace hexameru vody Autor: Bc. Lenka Ličmanová Vedoucí práce: Mgr. Aleš Vítek Seminář KFY PŘF OU.
6 Kvantové řešení atomu vodíku a atomů vodíkového typu 6.2 Kvantově-mechanické řešení vodíkového atomu … Interpretace vlnové funkce vodíkového atomu.
Molekulární dynamika vody a alkoholů
Metoda molekulární dynamiky
Stavba atomu.
Chemická vazba. Chemická vazba Chemická vazba Spojování atomů Změna stavu valenčních elektronů Teorie chemické vazby: 1. Klasické elektrovalence- Kossel.
Mezimolekulové síly.
Název materiálu: VY_52_INOVACE_F7.Vl.43_Atom_a_molekula Datum:
Fyzika kondenzovaného stavu
Transkript prezentace:

1 DFT a empirické modely interakcí v Monte Carlo simulacích klastrů molekul vody Lenka Ličmanová

2 Obsah  Čím se zabýváme  Monte Carlo  parallel tempering Monte Carlo  multiple histograms  Boltzmann-reweighting  Kvantově chemické metody  Coupled Clusters  DFT  Empirické van der Waalsovy korekce  Dosavadní výsledky  Výhledy

3 Čím se zabýváme  teoretické studium termodynamických vlastností malých klastrů molekul vody  empirické potenciály - jsou běžně používané v mnoha teoretických výpočtech a částicových simulacích  Řešení:  modelování mezimolekulových interakcí založené na kvantově-chemických výpočtech elektronové struktury systému  enormní časová náročnost - obvykle využívány pouze pro výpočet energie jedné konkrétní konfigurace, pro strukturní optimalizace nebo pro vibrační analýzu systému

4 Monte Carlo  jakákoli metoda používající generátor náhodných čísel  ve statistické fyzice: program, který generuje konfigurace zkoumaného systému přímo podle pravděpodobnosti odpovídající konkrétnímu termodynamickému souboru

5 Monte Carlo - parallel tempering Monte Carlo  simuluje zkoumaný systém paralelně, hned při několika různých teplotách  proházování konfigurací jednotlivých systémů během simulace  výrazné zrychlení konvergence

6 Monte Carlo - multiple histograms  Z histogramů energií napočtených metodou PT-MC lze určit hodnoty tepelné kapacity pro libovolnou teplotu, tedy i pro tu, pro kterou jsme neprovedli Monte Carlo simulací.  výrazné zrychlení konvergence

7 Monte Carlo - Boltzmann-reweighting  nejvhodnější cesta pro výpočet přesných termodynamických dat  MC simulace běží při ní podle empirického potenciálu a „měření“ se provádí na simulovaném systému pomocí kvantově chemických metod

8 Kvantově chemické metody - Coupled Clusters  založené na výpočtu energie systému z vlnové funkce  velmi přesné výsledky  výpočetně velmi náročné  Coupled Clusters jako referenční výpočet

9 Kvantově chemické metody - DFT  založená na výpočtech energie systému z jednoelektronových funkcí  nevýhoda: různé výměnné korelační funkcionály dávají různě přesné výsledky  provádění testů více funkcionálů  výsledky doplněny o empirické van der Waalsovy korekce [4] [4] Qin Wu, Weitao Yang, J. Chem. Phys. 116, 2 (2002)

10 van der Waalsovy korekce r je vzdálenost mezi jádry atomů molekul s 6 je koeficient korekce –Použili jsme: funkcionálkorekce 1 [1]Korekce 2 [2] BLYP1,401,20 PBE0,700,75 [1] S. Grimme, J. Comp. Chem. 25, 1463 (2004). [2] S. Grimme, J. Comp. Chem. 27, 1787 (2006). [4] Qin Wu, Weitao Yang, J. Chem. Phys. 116, 2 (2002) [4]

11 Dosavadní výsledky  V současnosti výpočty stále probíhají.  Zaměřili jsme se na výpočet tepelné kapacity.  Zjistili jsme:  tepelná kapacita velmi citlivě závisí na použitém modelu interakcí  výměnný korelační funkcionál B97R v metodě DFT nejlépe souhlasil s referenčními výpočty - pravděpodobně zahrnuje značnou část korelační energie

12 [3] [3] Vítek,Kalus,Paidarová, Structural changes in the water tetramer. A combined Monte Carlo and DFT study.

13 TIP4P záporný náboj je přesunut z atomu kyslíku směrem k atomům vodíku do místa (M) na osu symetrie molekuly vody

14 TIP5P Kladný náboj je umístěn na každém atomu vodíku a náboje stejné velikosti ale opačného znaménka jsou v místech samostatného interakčního páru L-L, ten je umístěn symetricky vzhledem k ose molekuly v rovině kolmé na rovinu molekuly

15 TIP6P  Ve výpočtech používáme empirický model TIP6, který jsme doplnili dalšími úpravami.  Lennard-Jones, který byl v TIP6P umístěn na atomu kyslíku, má dovoleno se pohybovat na ose molekuly během fitování, což přináší nové interakční místo v molekule označované P.  Dále byla přidána jednoduchá repulze mezi M- místem a vodíkovými atomy.  V posledním kroku byl Lennard-Jonesův potenciál působící v původním TIP6P potenciálu mezi páry atomů vodíku nahrazen jednoduchou repulzí, což vedlo k lepší konvergenci fitování nejmenšími čtverci.  Tento model označujeme jako TIP6Pm.  Tento se dále rozšířil zahrnutím indukovaných elektrických dipólových momentů v místě P s izotropní polarizabilitou, což bereme jako nastavitelný parametr.

16 [1] S. Grimme, J. Comp. Chem. 25, 1463 (2004). [2] S. Grimme, J. Comp. Chem. 27, 1787 (2006).

17 [1] S. Grimme, J. Comp. Chem. 25, 1463 (2004). [2] S. Grimme, J. Comp. Chem. 27, 1787 (2006).

18 [1] S. Grimme, J. Comp. Chem. 25, 1463 (2004). [2] S. Grimme, J. Comp. Chem. 27, 1787 (2006). [1][1]

19 Výhledy  Dalším východiskem je probíhající nafitování vdW korekcí přímo pro funkcionál B97R a danou bázi vlnových funkcí.  V nejbližší době budou vypočítány termodynamické vlastnosti hexameru vody i metodou Boltzmann-reweighting.