Genetická variabilita populací lipana podhorního a možné příčiny zkrácení skřelového víčka Ing. Vojtěch Kašpar, Ph.D www.frov.jcu.cz.

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Vytváření podmínek pro podporu populací vranky obecné (Cottus gobio) v EVL Krkonoše Přednášející : Jiří KŘESINA.
Advertisements

Statistické metody pro testování asociace genů a nemocí
Teorie selekce.
GENETIKA POPULACÍ KVANTITATIVNÍCH ZNAKŮ 8
GENETIKA POPULACÍ 9 KVANTITATIVNÍCH ZNAKŮ
Polymorfismy DNA a jejich využití ve forenzní genetice
J. Kolář - Biologické rytmy a fotoperiodizmus rostlin 5: Experimenty testující selekční výhody cirkadiánních rytmů.
Prof. Ing. Václav Řehout, CSc.
Biologické základy mapování lokusů pro kvantitativní znaky (QTL) Stanislav ČEPICA Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i., Liběchov 
Biologická diverzita a Indexy biodiverzity
Základy genetiky.
Markery asistovaná selekce
Genetika populací, rodokmen
Teoretické základy šlechtění lesních dřevin Milan Lstibůrek 2005.
Dědičnost kvantitativních znaků
GENETIKA Genetika je vědní disciplína, která se zabývá studiem dědičnosti a variability organismů.
DEFINICE PLODNOSTI GENETIKA PLODNOSTI
Využití v systematické biologii
Vymírání a přežívání druhů
Základy genetiky Role nukleových kyselin DNA – A,T,C,G báze
ONEMOCNĚNÍ Z HLEDISKA GENETIKY
Populační genetika je teoretickým základem šlechtění hospodářských zvířat; umožňuje sledování frekvencí genů a genotypů a tím i cílevědomé řízení změn.
Projekt HUGO – milníky - I
Genetická diverzita hospodářských zvířat
Markery asistovaná selekce - MAS
Lineární regrese.
Genetická variabilita populací  Pacient je obrazem rodiny a následně populace, ke které patří  Distribuci genů v populaci, a to jak jsou četnosti genů.
Populační genetika.
BIOLOGIE ČLOVĚKA Tajemství genů (28).
Heritabilita multifaktoriálních chorob, Dědičnost vázaná na pohlaví
Evoluční a koevoluční procesy
Rychlost a směr evoluce parazita (ve srovnání se situací u jeho hostitele)
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
Příbuzenská, liniová a čistokrevná plemenitba
Ekologie malých populací Jakub Těšitel. Malé populace # stochastická (náhodně podmíněná) dynamika # velké odchylky od Hardy-Weinbergovské rovnováhy #
1 Název práce: Šlechtitelský program lesních dřevin Zpracovali: Tauchman, Bače.
Analýza populační variability a struktury
„AFLP, amplified fragment length polymorphism“
Základní typy genetických chorob Marie Černá
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Genetika vzájemného vztahu hostitele a patogena. Genetika Nauka o dědičnosti a proměnlivosti Ve fytopatologii – dědičnost a proměnlivost znaků a vlastností.
1. Nezávislost na fluktuaci prostředí 2. Soustředění na zdroje obživy 3. Změny v demografické distribuci 4. Předpoklady pro vzestup civilizace Domestikace.
Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí.
Farmakogenetika Cíl Na základě interdisciplinárního integrace znalostí farmakologie a genetiky popsat vliv dědičnosti na odpověď organismu.
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Genetika kvantitativních znaků charakteristika kvantitativních znaků proměnlivost a její složky základní genetické parametry.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Vazba genů – teoretický základ Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/7 Šablona: III/2 Inovace a zkvalitnění.
Měření v sociálních vědách „Měřit všechno, co je měřitelné, a snažit se učitnit měřitelným vše, co dosud měřitelné není“. (Galileo Galilei)
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Genetika populací – řešené příklady Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/14 Šablona: III/2 Inovace.
OVĚŘENÍ EFEKTIVITY FIE U ROMSKÝCH DĚTÍ PhDr. Anna Páchová, Ph.D. Katedra psychologie Pedagogická fakulta Univerzity Karlovy.
Genetika populací Doc. Ing. Karel Mach, Csc.. Genetika populací Populace = každá větší skupina organismů (rostlin, zvířat,…) stejného původu (rozšířená.
Selekční postupy ve šlechtění rostlin I. Selekce = výběr Charles Darwin ( ) Darwinova evoluční teorie počítá s výběrem a rozmnožováním lépe.
Šlechtění hospodářských zvířat Doc. Ing. Karel Mach, CSc.
Analýza a vyhodnocení zdravotního stavu obyvatel města TÁBOR MUDr. Stanislav Wasserbauer MUDr. Miloslav Kodl Hana Pokorná Zdravá Vysočina, o.s. ve spolupráci.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Genetika populací – teoretický základ Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10 /13 Šablona: III/2 Inovace.
Nepřímá DNA diagnostika
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
Genetická struktura populací lipana podhorního (Thymallus thymallus) v rybářsky obhospodařovaných řekách České republiky Dagmar Hucková Školitel: Ing.
- váhy jednotlivých studií
Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek
Environmentální toxikologie (KBB/ENVTX)
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
Ekologie.
EU peníze středním školám
Neparametrické testy pro porovnání polohy
Konstrukty motoriky, fylogeneze motoriky
Statistika a výpočetní technika
Vnitrodruhové vztahy Reifová a Munclinger – Evoluční genetika (ZS)
Podélný profil kontaminace řeky Poprad
Základy statistiky.
Transkript prezentace:

Genetická variabilita populací lipana podhorního a možné příčiny zkrácení skřelového víčka Ing. Vojtěch Kašpar, Ph.D www.frov.jcu.cz

Genetická variabilita populací lipana podhorního (Thymallus thymallus) www.frov.jcu.cz Genetická variabilita populací lipana podhorního (Thymallus thymallus)

Literární přehled www.frov.jcu.cz Pokles početnosti populací - nutnost definovat konzervační strategie a programy je hlavním důvodem fylogeografickýcha populačních studií. U lipana podhorního (Thymallus thymallus) byla genetická variabilita či struktura populací studována ještě s využitím biochemických markerů – allozymů. První práce studující genetiku lipana byly realizovány na počátku 90. let a byly omezeny na malý areál výskytu lipana – prakticky se věnovaly pouze několika říčním systémům ve Francii (Bouvet, Soewardi & Pattee 1990; Bouvet, Pattee & Maslin 1992; Persat & Eppe 1997). Pomocí těchto allozymových markerů byly sledovány rozdíly mezi populacemi pocházejícími z dvou říčních systémů ve Francii (Bouvet a kol., 1990), porovnávána genetická variabilita populací lipana a plotice (Bouvet a kol., 1992) a určována genetická struktura populací Rhony (Persat a Eppe, 1997).

Literární přehled www.frov.jcu.cz Následně publikována řada studií využívajících jaderné markery i mitochondriální DNA – mikrosatelitní markery / cytochrome B, DLOOP, případně další úseky mitochondriální DNA. Snoj a kol. (1999) vyvinuli první mikrosatelitní marker použitelný pro lipana podhorního, ale také testována crossamplifikace celé řady markerů pro jiné druhy ryb (Koskinen a Primer, 2001). Srovnání dvou geograficky odlišných populací z různých oblastí – povodí Dunaje a úmoří Jaderského moře v oblasti Slovinska (Sušnik et al., 1999).

Literární přehled www.frov.jcu.cz Studium genetických rozdílů mezi dvěma různými lokalitami (Koskinen et al., 2001). Studium vlivu vysazování lipana do volných vod (Koskinen et al., 2002), sledování genetické variability a fragmentace řek pomocí mikrosatelitních markerů (Melgaard et al., 2003). Hodnocení vlivu vysazování na genetickou strukturu lipana podhorního ve střední Evropě (Gum et al., 2006) – pomocí mikrosatelitních markerů a mitochondriální DNA byl sledován vliv vysazování ryb neověřeného původu na populace původní.

www.frov.jcu.cz Genetická diverzita lipana podhorního a stav populací v ČR (Havelka, 2009 – diplomová práce), mitochondriální DNA – cytochrome B, DLOOP. Genetická struktura populací lipana podhorního v rybářsky obhospodařovaných řekách České republiky (Hucková, 2015 – bakalářská práce) – 7 mikrosatelitních lokusů, 19 populací z ČR a 2 populace ze Slovenska. Mitochondriální DNA – cytochrome B, control region, ND1, ND-3/4 a ND-5/6, DLOOP – nejprve pomocí PCR/RFLP, následně sekvenování.

www.frov.jcu.cz BIELY POTOK SLOVIANSKA DOLINA LUČIVNA “VYSAZOVANÁ“

www.frov.jcu.cz SALZA YBBS

BIELY POTOK SLOVIANSKA DOLINA LUČIVNA SALZA YBBS “VYSAZOVANÁ“ www.frov.jcu.cz BIELY POTOK SLOVIANSKA DOLINA LUČIVNA “VYSAZOVANÁ“ SALZA YBBS

Optimalizace 10 mikrosatelitních lokusů, 8 lokusů vyhodnocováno: www.frov.jcu.cz 240 vzorků k izolaci DNA Optimalizace 10 mikrosatelitních lokusů, 8 lokusů vyhodnocováno: BFRO-004 BFRO-005 BFRO-006 BFRO-013 BFRO-015 BFRO-018 ONE-2 OGO-2

Mitochondriální DNA – DLOOP www.frov.jcu.cz Mitochondriální DNA – DLOOP Primery podle (Uiblein et al. 2001) – LRBT-25 a LRBT-1195 Primery modifikované – 2 úseky (Meraner, Gandolfi, 2012) LRBT-25-2 INT-F LRBT-1195-2 INT-R

www.frov.jcu.cz

BFRO-04 BFRO-05 BFRO-06 BFRO-13 BFRO-15 BFRO-18 ONE-2 OGO-2 Na Mean www.frov.jcu.cz BFRO-04 BFRO-05 BFRO-06 BFRO-13 BFRO-15 BFRO-18 ONE-2 OGO-2 Na Mean 5,83 11,83 3,50 9,17 9,50 15,17 SE 0,54 0,70 0,50 1,12 0,79 0,67 0,65 Ne 3,26 7,10 2,10 4,78 5,35 5,54 3,34 8,73 0,16 0,56 0,53 0,81 0,52 0,38 I 1,36 2,14 0,75 1,75 1,84 1,97 1,54 2,39 0,04 0,06 0,22 0,14 0,09 0,10 0,05 Ho 0,41 0,71 0,20 0,63 0,68 0,72 0,03 0,01 He 0,69 0,85 0,39 0,76 0,78 0,66 0,88 0,11 0,02 0,00

POTOK DOLINA LUCIVNA “VYSAZ“ SALZA YBBS Na Mean SE Ne I Ho He www.frov.jcu.cz POTOK DOLINA LUCIVNA “VYSAZ“ SALZA YBBS Na Mean 8,25 9,88 10,00 9,25 10,25 9,63 SE 1,21 1,22 1,52 1,51 1,70 1,19 Ne 5,07 5,30 4,44 5,26 4,69 0,90 0,96 0,71 0,98 0,64 I 1,73 1,72 1,64 1,77 1,74 0,20 0,22 0,25 0,19 0,13 Ho 0,58 0,56 0,60 0,57 0,61 0,59 0,09 0,06 0,07 He 0,73 0,72 0,70 0,75 0,76 0,08 0,05 0,03

www.frov.jcu.cz

www.frov.jcu.cz

Pairwise Population Fst www.frov.jcu.cz Nei distance Pairwise Population Fst POTOK DOLINA LUCIVNA “VYSAZ“ SALZA YBBS 0,000 0,086 0,092 0,009 0,098 0,022 0,023 0,090 0,099 0,101 0,113 0,068 0,091 0,105 0,020

www.frov.jcu.cz Zaznamenány výrazně vyšší počty alel na lokus oprot studii Huckové (2015), kde u 7 mikrosatelitních markerů určen průměrný počet alel A= 3,5(±2,2) a heterozygotnost He=0,41. Výsledky Grosse a kol. (2003) naopak odhalily relativně vysoké hodnoty celkové diverzity mikrosatelitův bavorských populacích lipana s průměrným počtem 12.4 alely na lokus a He = 0.48. AMOVA – většina variance uvnitř populací, na rozdíl od populací severní Evropy, kde bylo detekováno 49,1 – 58,0% variability mezi populacemi (Koskinen et al. 2002). Výsledky budou využity pro přípravu testu heritability – určení paterninty. Mitochondriální DNA – určení zastoupení haplotypů - Atlantské / Dunajské / Jaderské v generačních hejnech (vzorkování značených ryb).

Možné příčiny zkrácení skřelového víčka www.frov.jcu.cz Možné příčiny zkrácení skřelového víčka

www.frov.jcu.cz

www.frov.jcu.cz

www.frov.jcu.cz

Sledování výskytu deformit u juvenilních lososů a v průběhu 90 dnů. www.frov.jcu.cz Sledování výskytu deformit u juvenilních lososů a v průběhu 90 dnů. Zkrácené víčko se vyskytuje u diploidních i triploidních jedinců – zaznamenán výskyt až u 35% jedinců Zkrácené skřelové víčko shledáno jako reverzibilní anomálie.

www.frov.jcu.cz Sledován vliv vysokého obsahu vitaminu A a inkubační teploty na výskyt deformit Inkubační teplota shledána jako hlavní faktor ovlivňující deformity kostí a zkrácení skřelového víčka.

www.frov.jcu.cz Porovnání růstu, efektivity produkce a výskytu deformit u 2n a 3n populací lososa. 3n populace znatelně více deformit – u skřelového víčka nebyl však tento rozdíl signifikantní.

www.frov.jcu.cz Zkrácené skřelové víčko zaznamenáno i v rámci experimentu zaměřeného na sledování vlivu amoniaku na růst. Růst, welfare a průběh smoltifikace nebyly ovlivněny dlouhodobým působením amoniaku. Zkrácení skřelového víčka zaznamenáno u všech skupin, kvantitativně nehodnoceno.

www.frov.jcu.cz

Ověřován vliv teploty inkubace na výskyt různých typů deformit. www.frov.jcu.cz Ověřován vliv teploty inkubace na výskyt různých typů deformit. Prokázáno, že suboptimální teplota měla za následek deformované skřelové víčko.

Obohacování vířníků o další látky – vitamin A. www.frov.jcu.cz Obohacování vířníků o další látky – vitamin A. Studován vliv vitaminu A na formování kostry, především na splachnocraniu. Vitamin A pozitivně ovlivňoval tvorbu skřelového víčka.

11 mikrosatelitních lokusů, 8% jedinců se sledovaným znakem. www.frov.jcu.cz Založeno 83 rodin, sledován výskyt deformit skřelového víčka, určována příbuznost a dědičnost tohoto znaku. 11 mikrosatelitních lokusů, 8% jedinců se sledovaným znakem. Určena heritabilita chybějícího skřelového víčka na úrovni 0, 032.

Určena heritabilita chybějícího skřelového víčka na úrovni 0, 37. www.frov.jcu.cz Experimentální křížení, odchov potomstva a sledování deformit u více než 900 odchovávaných jedinců odchovávaných v různých podmínkách. Určena heritabilita chybějícího skřelového víčka na úrovni 0, 37.

SELEKCE VHODNÝCH RODIČŮ – GENOTYPOVÁNÍ ZNAČENÝCH RYB www.frov.jcu.cz TEST HERITABILITY: SELEKCE VHODNÝCH RODIČŮ – GENOTYPOVÁNÍ ZNAČENÝCH RYB VYTVOŘENÍ EXPERIMENTÁLNÍCH POPULACÍ – KŘÍŽENÍ RYB S PROJEVEM ZNAKU A RYB NORMÁLNÍCH ZNAČENÍ A VZORKOVÁNÍ POTOMSTVA ODCHOV POTOMSTVA VE SKUPINÁCH A NĚKOLIKA OPAKOVÁNÍCH SLEDOVÁNÍ PROJEVU ZNAKU U POTOMSTVA URČENÍ PARENTITY POMOCÍ METOD MOLEKULÁRNÍ GENETIKY

www.frov.jcu.cz

www.frov.jcu.cz

www.frov.jcu.cz