Molekulárně-biologické databáze Evropsky institut pro bioinformatiku ve Velké Británii (EBI) EMBL, 1980 www.ebi.ac.uk Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) založené v rámci Národní lékařské knihovny (NLM) v USA www.ncbi.nlm.nih.gov GenBank, 1982 Centrum pro inormační biologii (CIB) , jako oddělení Národního genetického institutu (NIG) v Japonsku DDBJ, 1984 www.cib.nig.ac.jp
GenBank/EMBL/DDBJ Vzájemně si vyměňují si informace Volně dostupné Přijímají nové sekvence z genomových center a pracovišť zabývajících se sekvencováním Sekvenci v databázích může zveřejnit kdokoli !
Databáze sekvencí proteinů Databáze SWISS-PROT založená na Univerzitě v Ženevě v roce 1986 Spravuje Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB) www.expasy.org Obsahuje automaticky doplňované překlady sekvencí z EMBL Databáze PDB (The Protein Databank) Archivuje a analyzuje proteinové struktury a komplexy informačních biomakromolekul http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Konkrétní pokus Vyhledejte v GenBank informace o genu ICAM1 www.ncbi.nlm.nih.gov PubMed – informace o publikacích Nucleotide – informace o sekvenci genu Protein – informace o proteinu a jeho struktuře SNP – informace o zjištěných polymorfismech
Vyhledání nukleotidové sekvence - BLAST Vyhledejte v GenBank sekvenci primeru pro ICAM1 5´- gga acc cat tgc ccg agc - 3´ Návod V GenBank najdeme prohledávač BLAST www.ncbi.nlm.nih.gov www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
Porovnání 2 sekvencí – blast2seq Srovnejte sekvence 5´- gga acc cat tgc ccg agc - 3´ GenBank Acc.No. AC011511 Návod V GenBank najdeme prohledávač bl2seq Align two sequences www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
HapMap http://www.hapmap.org/ Prohlédněte si informace o projektu - Browse Project Data Vyhledejte SNP pro MTHFR a ICAM1 Projekt HapMap je propojen s GenBank přes SNP
Nezapomeňte se podívat na Web of Science www.wos.cz Placená služba (pro VFU zdarma) Více informací o autorech než PubMed Informace o IF časopisů