Počítačová chemie: reakce zblízka

Prezentace na téma: "Počítačová chemie: reakce zblízka"— Transkript prezentace:

1 Počítačová chemie: reakce zblízka
T-report podzim 2012 Kamila Machová

2 Místo T-exkurze, ten plánek by se mi docela hodil…

3 Ještě momentka z exkurze…

4 Čím jsme se zabývali Aby proběhla chemická reakce, musíme dodat určitou energii, přestože produkty mohou mít nižší energii než reaktanty Tato energie se nazývá aktivační energie a bod s nejvyšší energií se nazývá tranzitní stav

5 Jak se to dělá v praxi V programu Avogadro si navrhneme dva reaktanty a vzniklý produkt a strukturu Pozn.: reakce je jiná, než se kterou jsme pracovali, ale k této jsem na rozdíl od ní mohla sehnat obrázky, které doma udělat nemohu

6 V programu Gaussian optimalizujeme geometrii a provedeme vibrační analýzu, která nám umožňuje odlišit optimální strukturu od tranzitního stavu… … a mimo jiné pak můžeme v avogadru sledovat, jak atomy v molekule kmitají

7 Vybereme vazby, které při reakci nově vznikají

8 Vazby natahujeme a v jednom místě doje k jejich přerušení
Toto místo je odhadem tranzitního stavu reakce (Na posledním obrázku už vazba neexistuje, je tam jen „nakreslená“)

9 Víc jsme toho bohužel nestihli, ale další postup nám byl zrychleně ukázán.
Tímto způsobem můžete namodelovat i složité aktivní centrum enzymů a sledovat reakce, což jsme viděli ve 3D promítání Zjednodušeně fungují enzymy takto: glyoxaláza 3D brýle a molekula

10 Od exkurze jsem se chtěla hlavně dovědět jak se zkoumají biomolekuly, hlavně enzymy, které mě zajímají a co se dá počítavě namodelovat. Pro naše instruktory musím dodat: Práce se mi moc líbila a viděla jsem počítač.

11 Zdroje (hlavně obrázků)