Http://slideplayer.cz/slide/2661770/.

Prezentace na téma: "Http://slideplayer.cz/slide/2661770/."— Transkript prezentace:

1

2

3 Simulační metoda - Molekulární Dynamika (MD)
Metodika umožňující „realisticky“ vyvíjet částicový systém v čase a to na základě numerického řešení soustavy pohybových rovnic jednotlivých částic. Okamžitá síla působící na danou částici může být obecně závislá na mnoha faktorech poloze částice, její rychlosti, náboji, hmotnosti, vnějším poli (např. elmag) samozřejmě na čase atd. V rámci molekulárních simulací rozeznáváme zpravidla několik typů tzv. mezičásticových interakcí (mezičásticového silového působení) jež jsou (při zafixování vlastností částic) pouze funkcí poloh jednotlivých částic (resp. mezičásticových vzdáleností) což tedy znamená (uvažujeme-li pouze tyto mezičásticové interakce), že známe-li v daném čase polohu všech částic, můžeme spočítat celkovou sílu působící na libovolnou částici.

4 Verletova metoda https://cs.wikipedia.org/wiki/Taylorova_%C5%99ada
Využití 2. Newtonova pohyb. zákona

5 Kinetika – rychlostní Verlet
Force Mass Acceleration Potential Energy Unit vector from i to j i j Fij vi (t) Newton:

6 Kinetika – rychlostní Verlet
Fij vi (t) (t + Dt) j Newton: Updated Position: new position old position old velocity old force

7 Kinetika – rychlostní Verlet
Fij vi (t) (t + Dt) j Newton: Updated Position: Updated Velocity: System Temperature: equipartition theorem system kinetic energy

8 Termostat – zajištění simulace při dané teplotě T0
„prosté“ Škálování rychlostí Berendsen Nose-Hoover (zavedení umělého stupně volnosti) Langevin (zavedení frikce a náhodné síly) Zpomalování pohybu částic -> ochlazování Náhodné silové „šťouchance“ -> zahřívání Při správném vybalancování obou efektů dostáváme termostat zajišťující udržení požadované kinetické energie resp. teploty T.

9 Výpočet tlaku – (nutné pro aplikaci barostatu)
Chemical Physics Letters 421 (2006) 138–141