DNA diagnostika

Co se detekuje ? Monogenní a polygenní dědičné choroby Některé typy nádorů Progrese choroby během léčby Identifikace lidí ve forenzní medicíně HLA-typizace v případě transplantace Prevence - vyšetření: - preimplantační - prenatální - presymtomatické

DNA polymorfizmus  Variabilita sekvence DNA mezi rozdílnými jedinci téhož druhu Alelový polymorfizmus fyziologická funkce, s frekvencí > 1% predispozice k polygenním chorobám Mutace patologická funkce, s frekvencí < 1% příčina monogenních chorob

Zdroje nukleových kyselin DNA určitého genu – všechny jaderné buňky RNA určitého genu - jenom ty buňky, kde se daný gen exprimuje

PCR (namnožení části DNA) vizualizace výsledku v gelu Princip testování izolace DNA PCR (namnožení části DNA) + další analýzy vizualizace výsledku v gelu

Náplň třítýdenních praktik 1. praktikum: Izolace vlastní DNA 2. praktikum: PCR - namnožení genů CFTR a HFE 3. praktikum: RFLP - restrikční štěpení genu HFE

Nejčastější mutace Cystické fibrózy : gen CFTR, na 7. chromozomu mutace delta F508 Hemochromatózy : gen HFE, na 6. chromozomu mutace C282Y

Mutace delta F508 Normální sekvence DNA 5 ´ … AAT ATC ATC TTT GGT GIT … 3´ Protein Asn Ile Ile Phe Gly Val Pozice 505 506 507 508 509 510 Mutovaná DNA DNA 5 ´ … AAT ATC AT - - - T GGT GIT … 3´ Protein Asn Ile Ile - Gly Val

Mutace C282Y Normální DNA 5 ´......G / TGC….. 3´ 3´…. C / ACG….. 5´ C – Cys – Cystein (TGC) na pozici 282 v proteinu Mutovaná DNA 5 ´......G / TAC….. 3´ 3´…. C / ATG….. 5´ Y – Tyr – Tyrosin (TAC) na pozici 282 v proteinu

Charakteristika DNA diagnostiky Detekce určitého polymorfizmu daného predispozičního genu CÍLENÉ ANALÝZY KOMPLETNÍ ANALÝZY

Cílené analýzy Lokalizace a celá sekvence genu je známá Mutace genu je známá Vyšetření členů rodiny není nutné

Kompletní analýzy Lokalizace a celá sekvence genu je známá Mutace genu jsou neznámé Vyšetření členů rodiny je nezbytné

Detekce polymorfizmu určitého genu Cílené analýzy: PCR se sekvenčně specifickými primery (CFTR delta F508) PCR s obecnými primery + 1) RFLP s restrikčními enzymy (Restriction Fragment Length Polymorphism) (HFE C282Y) + 2) hybridizace s DNA próbami Kompletní analýzy: DNA sekvenování