HW model: jedna zcela izolovaná populace  populace často rozděleny do subpopulací genetická výměna mezi lokálními populacemi = tok genů (gene flow) A.

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
AUTOR: Ing. Helena Zapletalová
Advertisements

Statistické metody pro testování asociace genů a nemocí
Teorie selekce.
Vliv společenského altruismu na globální lidský genofond Jan Kollár SBE.
Fylogeografie Studuje geografickou strukturaci populací Navazuje na evoluční biologii, ochranu živ. prostř., taxonomii.
Základní genetické pojmy – AZ kvíz
J. Kolář - Biologické rytmy a fotoperiodizmus rostlin 5: Experimenty testující selekční výhody cirkadiánních rytmů.
POPULAČNÍ GENETIKA 6 faktory narušující rovnováhu populací
Prof. Ing. Václav Řehout, CSc.
Prof. Ing. Václav Řehout, CSc.
Hardy – Weibergův zákon
Základy genetiky.
Stránky o genetice Testy z genetiky
Genetika populací, rodokmen
Teoretické základy šlechtění lesních dřevin Milan Lstibůrek 2005.
Rozmístění obyvatelstva na Zemi
Autor: Mgr. Tomáš Hasík Určení: Septima, III.G
MECHANISMY MIKROEVOLUCE
STRUKTURA POPULACE: SYSTÉM PÁROVÁNÍ GAMET.
Populační genetika je teoretickým základem šlechtění hospodářských zvířat; umožňuje sledování frekvencí genů a genotypů a tím i cílevědomé řízení změn.
Filip Kolář Procesy v malých populacích. Ohrožené malé populace „Demografické“ faktory malý počet jedinců (schránek na geny, partnerů,...) Stochastické.
Genetická diverzita hospodářských zvířat
Genetická variabilita populací  Pacient je obrazem rodiny a následně populace, ke které patří  Distribuci genů v populaci, a to jak jsou četnosti genů.
Populační genetika.
Populační genetika.
HW – nekonečná populace  omezená velikost populace  vyšší IBD (autozygotnost)  zvyšující se rozptyl frekvencí alel mezi démy v čase  fixace/extinkce.
Genetika populací kvalitativních znaků
Jak „dispersal limitation“ ovlivňuje druhovou bohatost společenstva Anna Vlachovská.
Evoluční a koevoluční procesy
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
 VZNIK GENETICKÉ PROMĚNLIVOSTI = nejdůležitější mikroevoluční
Ochrana rostlinného a živočišného genofondu
Základy matematické statistiky. Nechť je dána náhodná veličina X (“věk žadatele o hypotéku“) X je definována rozdělením pravděpodobností, s nimiž nastanou.
Ekologie malých populací Jakub Těšitel. Malé populace # stochastická (náhodně podmíněná) dynamika # velké odchylky od Hardy-Weinbergovské rovnováhy #
NÁHODNÉ PROCESY V POPULACÍCH NÁHODNÉ PROCESY V POPULACÍCH Náhodný výběr gamet z genofondu:
Genový tok a evoluční tahy
Analýza populační variability a struktury
VZNIK GENETICKÉ PROMĚNLIVOSTI
Příklady z populační genetiky
Mendelistická genetika
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Populační genetika Fenotypy, genotypy RNDr Z.Polívková
Základní typy genetických chorob Marie Černá
Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Genetická variabilita rostlinných populací
Czech Statistical Office Na padesátém 81, Praha, Český statistický úřad odd. regionálních analýz a informačních služeb Praha Jana Podhorská.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Vazba genů – teoretický základ Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/7 Šablona: III/2 Inovace a zkvalitnění.
Název školy Gymnázium, střední odborná škola, střední odborné učiliště a vyšší odborná škola, Hořice Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Název materiálu.
Genetika populací Doc. Ing. Karel Mach, Csc.. Genetika populací Populace = každá větší skupina organismů (rostlin, zvířat,…) stejného původu (rozšířená.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Genetika populací – teoretický základ Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10 /13 Šablona: III/2 Inovace.
Projekt HAPMAP Popis haplotypů
Určeno pro : žáky ZŠ na 2. stupni Sekce: základní Předmět : zeměpis
TOK GENŮ.
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
NENÁHODNÉ PÁROVÁNÍ GAMET
Gymnázium, Třeboň, Na Sadech 308
POPULAČNÍ VÝVOJ V ČESKÉ REPUBLICE V ROCE & AKTUÁLNÍ ÚDAJE ZA ROK 2005
VZNIK GENETICKÉ PROMĚNLIVOSTI
VZNIK GENETICKÉ PROMĚNLIVOSTI
Hardyův – Weinbergův zákon genetické rovnováhy v populacích
Vznik diverzity živočichů: speciace a (adaptivní) radiace
Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
Evoluční hledisko v sociální psychologii
DRIFT II.
Rasy, národy a náboženství
PŘÍRODNÍ VÝBĚR (SELEKCE)
37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika
Transkript prezentace:

HW model: jedna zcela izolovaná populace  populace často rozděleny do subpopulací genetická výměna mezi lokálními populacemi = tok genů (gene flow) A a p 1 q 1 Subpopulace 1Subpopulace 2 Genofond generace 0 A a p 2 q 2 Model:

HW model: jedna zcela izolovaná populace  populace často rozděleny do subpopulací genetická výměna mezi lokálními populacemi = tok genů (gene flow) A a p 1 q 1 Subpopulace 1Subpopulace 2 Genofond generace 0 A a p 2 q 2 A a p 1 q 1 A a p 2 q 2 Genofond generace 1 1 – m mm Model: m = míra toku genů (migration rate) m náhodně vybraných gamet

Frekvence alely A: počáteční generace: p 1 (subpop. 1) a p 2 (subpop. 2) následující generace: p 1 = (1 – m)p 1 + mp 2 Evoluce?  p 1 = p 1 – p 1 = (1 – m)p 1 + mp 2 – p 1 = -m(p 1 – p 2 )  p 2 = -m(p 2 – p 1 ) A a p 1 q 1 Subpopulace 1Subpopulace 2 Genofond generace 0 A a p 2 q 2 A a p 1 q 1 A a p 2 q 2 Genofond generace 1 1 – m mm m  0 a současně p 1  p 2 lokální populace nejsou zcela izolované lokální populace jsou geneticky odlišné EVOLUCE!

tok genů  migrace! m = rozsah výměny gamet, ne jedinců tok genů  žádná migrace migrace na velké vzdálenosti  žádný tok genů

Tok genů a nenáhodné oplození: Inbreeding a asortativní páření omezuje tok genů: např. Tamilové v Indii: sňatky mezi bratranci a sestřenicemi  nízký tok genů s okolním obyvatelstvem zavíječ kukuřičný (Pyrausta nubilalis): asort. výběr stejné feromonové rasy Disasortativní páření podporuje tok genů: reprodukční výhoda dispergujících jedinců např. D. melanogaster: disasort. výběr  jedna kosmopolitní populace

Tok genů mezi bělochy a černochy a vliv genetického i negenetického asortativního výběru: S a J Amerika: největší příliv otroků ze Z a střední Afriky USA: sociální klasifikace míšenců jako černochů, přestože genotypově i fenotypově intermediární asort. páření podle barvy kůže (přičemž míšenec = „černoch“) + větší počet bělochů  asymetrický tok genů běloši  černoši

Tok genů mezi bělochy a černochy a vliv genetického i negenetického asortativního výběru: S a J Amerika: největší příliv otroků ze Z a střední Afriky USA: sociální klasifikace míšenců jako černochů, přestože genotypově i fenotypově intermediární asort. páření podle barvy kůže (přičemž míšenec = „černoch“) + větší počet bělochů  asymetrický tok genů běloši  černoši SZ Brazílie: více kategorií hybridů, „běloši“ spíše v kontextu kultury   tok genů méně asymetrický a vyšší než v USA  Přes podobné počáteční podmínky dnes výrazné rozdíly  Tok genů je určován nejen migrací, ale i systémem páření ovlivněným jak genetickými, tak negenetickými faktory

Tok genů je evolučním mechanismem, který působí nenáhodným, predikovatelným způsobem: d 0 = p 1 – p 2 p 1 = (1 – m)p 1 + mp 2 = p 1 – md 0 analogicky p 2 = p 2 + md 0 d 1 = p 1 – p 2 = p 1 – md 0 – p 2 – md 0 = d 0 (1 – 2m) po t generacích: d t = d 0 (1 – 2m) t, tj. d t  0 s tím, jak t   m = 0 anebo d 0 = 0  žádná evoluce Tok genů snižuje rozdíly ve frekvencích alel mezi lokálními populacemi

Př.: výskyt melanických forem můr v Anglii drsnokřídlec březový (Biston betularia) zejkovec dvojzubý (Odontoptera [Gonodontis] bidentata)

zanesení nové alely do lokální populace  tok genů  mutaci ALE: 1) mutační rychlost (  ) velmi nízká  m může být nízké i vysoké 2) tok genů se může týkat mnoha lokusů současně  mutace zasahuje jen 1 lokus Mísením různých populací vzniká masivní vazbová nerovnováha rozprostřená po celém genomu (  mutace: LD jen mezi mutantním lokusem a jeho okolím, kde absence rekombinace).

zanesení nové alely do lokální populace  tok genů  mutaci ALE: 3) mutace většinou škodlivé (  migrací + i – alely) a 4) mutace v době vzniku v nízké frekvenci  ztráta  migrace může vnést více kopií současně  tok genů může výrazně změnit genofond i v jedné generaci Tok genů snižuje variabilitu mezi démy  zvyšuje uvnitř démů

Modely toku genů: 1. ostrovní (island model): standardizovaný rozptyl frekvencí alel přes démy

Modely toku genů: 2. izolace vzdáleností (isolation by distance) Př.: 2022 sňatků v údolí Ina (Japonsko, 1951):  50 % v rámci téže osady,  2/3 ze stejné vesnice,  1/3 ze vzdálenějších míst stepping stone: 1D, 2D

Model: m  = frakce gamet dispergujících po celé populaci m 1 = frakce gamet dispergujících mezi sousedními démy tok genů symetrický, m 1 /2 na jednu i druhou stranu

většinou m   m 1  F ST můžeme aproximovat jako I když m   m 1, dopad toku genů dán součinem m 1 m   disperze na velké vzdálenosti má stále velký vliv na strukturovanost populace např. jestliže N = 100, m 1 = 0,1... m  = 0,01  F ST = 0, m  = 0,001  F ST = 0,276  i když m  = 10–100  nižší než m 1, vliv na F ST silný důvodem větší rozdíl ve frekvencích mezi vzdálenými vs. sousedními démy rovnice je silně citlivá na migraci na velké vzdálenosti! Přesnější kvantifikace toku genů genetickými než přímými metodami (např. zpětným odchytem)!

izolace vzdáleností pro kontinuální populace: Linanthus parryae z čeledi jirnicovitých (Polemoniaceae) z Mohavské pouště (Kalifornie)... T. Dobzhansky, Sewall Wright dém  čtvrť (neighbourhood) N   = populační hustota (density)  m 1   = disperze (dispersal) = SD geografické vzdálenosti mezi místem narození rodičů a potomků L. parryae  = 1, m  = 0,01 F ST s rostoucí hustotou klesá F ST vyšší pro 1D než pro 2D habitat

S rostoucím počtem „kroků“ (stepping stone model) nebo geografickou vzdáleností (kontinuální model) by měla růst genetická diferenciace  (populačně)genetické distance (F ST, Nei, atd.)