Molekulárně genetická vyšetření detekce mutací vyhledávání asymptomatických přenašečů vyhledávání přenašeček X vázaných onemocnění identifikace jedinců- paternita testování predispozice k onemocnění s rodinným výskytem prenatální vyšetření onkogenetika
DNA diagnostika dědičných chorob Přímá mutační analýza - přímo detekuje chybnou informaci - mutaci, má diagnostickou výpovědní hodnotu. Nepřímá segregační analýza - využívá variabilních míst lidského genomu, v rodinách s jednoznačnou klinickou dg. u probanda pak může určit nositele patologické formy genu, v žádném případě nepotvrzuje diagnosu u probanda.
DNA analýza OLG FNB Cystická fibrosa Duchenneova/Beckerova svalová dystrofie Neurofibromatosa I Neurofibromatosa II Myotonická dystrofie Maligní hypertermie Hemofilie A Syndrom dlouhého QT intervalu Y-chromosom-SRY, DAZ, sex-test MCAD - mutace A958G Exprese T-H genu - neuroblastom Synovial sarcoma - detekce t (X,18)
DNA analýza ČR, EU www.uhkt.cz Databáze pracovišť DNA diagnsostiky v České republice EDDNAL NCBI OMIM
Počty vyšetřených pacientů 1.1.-30.9. 2001 2002 konzultace 9 311 9 609 postnatálně karyotyp 936 1 172 prenatálně karyotyp 586 480 DNA pacienti 1 056 1 208 DNA vyšetření 3 100 4 200 FISH 650 689 onkocytogenetika 423 540 RNA vyšetření 195 254
Cystická fibrosa Lokalizace 7q dýchací trakt Lokalizace 7q Frekvence nemocných v ČR cca 1/2000 – 1/3000 Frekvence přenašečů v ČR cca 1/25-1/29 Gen zmapován v roce 1989 V roce 2002 známo 1002 mutace játra pankreas tenké střevo reprodukce potní žlázy
Rozložení mutací v CFTR genu Závažnost CF závisí na lokalizaci mutace nejzávažnější v : EX 10, 11, 12, 20, 21 - kódují NBD domény EX 3, 4, 7 - kódují transmembránové domény
Indikační skupiny CF – podezření na cystickou fibrosu, CF v rodě Infertilita – opakované aborty, sterilita, neúspěšné IVF cykly Vyšetření dárců gamet PS -vyšetření příbuzných partnerů Jiná zátěž v rodě
Nejčastější mutace CFTR genu v české populaci MUTACE ČETNOST VÝSKYTU U CF PAC. EXON V ČR 1. dF508 68,8% 10 2. CFTRdele 2,3 (21kb) 4,64% 2, 3 3. G551D 4,03% 11 N1303K 3,02% 21 5. G542X 2,22% 11 6. 1898+1 G-A 2,04% intron 7. 2143delT 1,11% 12 8. R347P 0,74% 7 9. W1282X 0,55% 20 10. E92X 0,37% 4 11. R1162X 0,37% 19
Strategie vyšetření Od roku 1992 nejčastější mutace dF508 Od roku 1997 dF508 + screening exonu 11 – mutace G542X, G551D a R553X Od roku 2000 základní mutační analýza – mutace dF508, G542X, G551D, R553X + od roku 2000 mutace CFTR dele 2,3(21kb) U pacientů s podezřením na CF a u partnerů heterozygotů rozšířená mutační analýza – 8 ev.12 + 17 + CFTR dele 2,321kb) - celkem 30 mutací Sekvenace celého CFTR genu Prenatální diagnostika Preimplantační genetická diagnostika - příprava
Základní mutační analýza Mutace lokalizace dF508 ex 10 del2,3(21kb) ex 2,3 G542X ex 11 G551D ex 11 R553X ex 11 Frekvence v ČR cca 80%
Rozšířená analýza Inno-lipa 8 mutací Ex 10…..dF508, dl507 Ex 20…..W1282X Ex11..…G542X,G551D 1717-1 (GtoA), R553X Ex 21…..N1303K Frekvence cca 85% Inno-lipa 12 mutací Ex 10……dF508, dl507 In10/ex11…G542X, 1717-1G-A, G551D, R553X , R560T, Q552X Ex 20……W1282X, S1251N, 3905insT Ex 21 ……N1303K + dele 2,3(21kb) Frekvence cca 85 %
Inno-lipa 17 mutací Ex 3…394delTT, G85E, E60X Ex/in4…621+1GtoT, R117H Ex 7…1078delT, R347P, R334W Ex 13…2143delT, 2183AAtoG, 2184delA In 5…711+5GtoA In 14b…2789+5GtoA Ex 19…R1162X 3659delC In 19…3849+10kbCtoT In 8/Ex 9…A455E, 5T, 7T, 9T 12+17+CFTRdele(2,3) Frekvence cca 95%
Počet vyšetření 1999-2001 Indikace Počet vyš. Heterozyg. Nemocní CF 527 115 20 Infertilita 548 22 Dárci 199 5 Příbuzní p. 139 3 Zátěž 85 2 Celkem 1498 147
Záchyt heterozygotů
Indikace Cystická fibrosa - heterozygoti Genotyp Počet dF508 / non 87 G542X / non 8 CFRTdele 2,3(21kb) / n 7 R553X / non 2 3849+10kb CtoT / non 5 R347P / non 4 711+5 GtoA / non
Cystická fibrosa – genotyp nemocných Počet dF508/dF508 8 CFTRdele2,3/1717-1 1 dF508/CFTRdele2,3 2 G542X/G542X dF508/G542X W1282X/N1303k dF508/R553X R347P/711+5 dF508/R347P dF508/5T dF408/3849+10