Woese et al., PNAS 1990: zakořeněné schéma tří domén

Prezentace na téma: "Woese et al., PNAS 1990: zakořeněné schéma tří domén"— Transkript prezentace:

1 Woese et al., PNAS 1990: zakořeněné schéma tří domén

2 Eukaryota: Rostlinně-živočišná dichotomie

3 Konec milénia: 71 dobře popsaných taxonů bez zjevných sesterských skupin
Acantharea Diphylleia Komokiacea Pseudospora Actinophryida Diplomonadida Luffisphaera Ramicristata Alveolata Discocelis Microsporidia Rhodophyta Ancyromonas Ebriida Ministeria Reticulomyxa Apusomonadida Ellobiopsida Multicilia Retortamonadida Biomyxa Entamoebidae Nephridiophagidae „Rosette agent“ Caecitellus Euglenozoa Nucleariidae Spironemidae Carpediemonas Fonticula Opisthokonta Spongomonadida Centroheliozoa Glaucophyta Oxymonadida Stephanopogon Cercomonadida Granuloreticulosa Parabasalida Sticholonche Chlorarachniophyta Gymnophrea Paramyxea Stramenopiles Coelosporidium Gymnosphaerida Pelobiontida Telonema Collodictyon Haplosporida Phaeodarea Thaumatomonadida Copromyxida Haptophyta Phagodinium Trimastix Cryothecomonas Heterolobosea Phalansterium Vampyrellida Cryptomonadida Hyperamoeba Plasmodiophorida Viridaeplantae Desmothoracida Jakobida Polycistinea Xenophyophora Dimorphida Kathablepharida Pseudodendromonadida ....plus mnoho rodů s nejasnou ultrastrukturní identitou! David J. Patterson: The diversity of eukaryotes. American Naturalist 1999 micro*scope

4 Nová fylogenetická struktura diversity eukaryot
Simpson AG and Roger AJ, Curr Biol 2004: The real 'kingdoms' of eukaryotes.

5 Superskupina Opisthokonta
Choanoflagellata Ichthyosporea Metazoa Nuclearia Fungi - Microsporidia Fungi - Chytridiomycota

6 Synapomorfie opisthokont: Unikátní inzerce v EF1a
Steenkamp et al., Mol Biol Evol 2006

7 Superskupina Amoebozoa
Phalansterium Mycetozoa Multicilia Mastigamoebida Entamoeba Arcellinida Amoeba proteus

8 Superskupina Excavata
Trimastix Oxymonadida Diplomonadida Heterolobosea Carpediemonas Malawimonas Jakobida Euglenozoa Parabasala

9 suspension-feeding groove: morfologická synapomorfie exkavát
Dysnectes brevis (Yubuki et al. 2007) Carpediemonas membranifera (Simpson 2003)

10 Synapomorfie spojující diplomonády a parabasalidy: horizontální transfer prolyl-tRNA synthetasy z archebakterií Andersson et al., 2005

11 Superskupina Archaeplastida (Plantae)
Chlorophyta Glaucophyta Rhodophyta Zygnematales Embryophyta

12 Superskupina Chromalveolata
Cryptophyta Kathablepharida Haptophyta Telonema Apicomplexa Phaeophyceae Oomycota Dinoflagellata Ciliophora

13 Synapomorfie chromalveolát: unikátní paralog jaderně kódované v plastidu fungující glyceraldehyd-3-fosfát dehydrogenasy

14 Superskupina Rhizaria
Plasmodiophorida Euglyphida Cercomonadida Desmothoracida Foraminifera Polycistinea Chlorarachniophyta Acantharea

15 „Zbylé“ linie eukaryot
Collodictionida Apusomonadida Centrohelida Hemimastigophora Breviata Planomonas (dříve Ancyromonas)

16 Rhizaria – jen další skupina chromalveolát?
ML analýza, 16 proteinů Hackett et al., 2007

17 Kořen eukaryot mezi Unikonta a Bikonta?
Stechmann & Cavalier-Smith, Curr Biol 2003: The root of the eukaryote tree pinpointed

18 Myosiny třídy II: možná synapomorfie unikont...?
...ale Naegleria je má taky!! Richards & Cavalier-Smith, Nature 2005 Odronitz & Kollmar, 2007

19 Apusomonády asi sesterské opistokontům!
Apusomonas proboscidea Bayesovská analýza, SSU+LSU+aktin+HSP90+a-tubulin +b-tubulin; Kim et al., 2006 Amastigomonas mutabilis

20 Kořen eukaryot mezi archeplastidy a zbytkem?
RGC - rare genomic changes – RGC_CAM - RGC_CA - RGC_DEL - RGC_INS Rogozin et al., 2009