Clines Klasický přístup Frekvence na lokalitách přes transekt.

Prezentace na téma: "Clines Klasický přístup Frekvence na lokalitách přes transekt."— Transkript prezentace:

1 Clines Klasický přístup Frekvence na lokalitách přes transekt

2 Vzdálenost měřená od isokliny (středu zóny) isoklina 0.5

3 frekvence vzdálenost

4 Sigmoidální model Lokus pod selekcí Dva parametry: w - šířka c - střed w = 1/max. slope w

5 Jak to vypočítat? Vlastní script Analyse (Baird & Barton, v současné době jen pro starou versi Mac, někdy snad v R) ClineFit (Porter, Mac i Win), dost zjednodušené Geneland (zatím jen prvotní pokusy)

6 Geneland (B. Guedj and G. Guillot 2011)

7 Genomic clines regrese na hybridní index podobné Bartonovým konkordancím Gompert & Buerkle 2009, 2010 Fitzpatrick 2013

8 Hybridní index Proporce diagnostických alel –Ind.1 0 0 0 0 0 0 → h.i. = 0 –Ind.2 1 1 1 1 1 1 → h.i. = 1 –Ind.3 1 0 0 1 0 1 → h.i. = 0,5 Nemám diagnostické lokusy → Q (admixture coefficient), třeba ze Structure, K = 2

9 Data

10 Heterozygoti Aa Homozygoti AA Homozygoti aa P(AA) pro sledovaný lokus P(Aa) pro sledovaný lokus Očekávané neutrální hodnoty (z průměru přes lokusy)

11

12

13 Co tedy celkem dobře lze Pozice zóny – Geneland Genotypy přes zónu - Introgress Genomické kliny – Introgress, Hiest Bartonovské konkordance – Hiest geografické kliny – spíše pro výpočetně zdatné