STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY

Prezentace na téma: "STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY"— Transkript prezentace:

1 STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
Kolektiv Laboratoře molekulární biologie Onkologické centrum J. G. Mendela Nový Jičín

2 PŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA hledá se kauzální mutace
- musí být známá sekvence genu / oblasti - nevyžaduje biol. mat. od probanda - spolehlivost je 100% Volba metod: PCR, PCR/RE, ASO, ARMS,... Southern blot, Northern blot, klonování, SSCP, DGGE, TGGE, heteroduplexová analýza, sekvenování…

3 PŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA SRPKOVITÁ ANEMIE
RE: Mst II – CCTNAG (N = A, C, G, T) Beta A globin: -- CCT-GAG-GAG -- -- GGA-CTC-CTC -- Beta S globin: -- CCT-GTG-GAG -- -- GGA-CAC-CTC --

4 NEPŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA
- nehledá se kauzální mutace - sleduje se segregace mutované alely pomocí vysoce polymorfních lokusů musí být jasná klinická diagnóza vyžaduje biologický materiál od probanda spolehlivost závisí na frekvenci rekombinace polymorfizmy: RFLP ( restriction fragment lenght polymorphism) VNTR ( variable number of tandem repeats) STR ( short tandem repeats)

5 RFLP - RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
POLYMORFIZMUS DÉLKY RESTRIKČNÍCH FRAGMENTŮ

6 RFLP

7 RFLP

8 VNTR – VARIABLE NUMBER TANDEM REPEAT
GCTTTACCATTGGTAAAACTGA sekvence jednoho úseku možný počet tandemově se opakujících úseků: 1 - 7 frekvence jednotlivých alel: 1 (0.1), 2 (0.1), 3 (0.1), 4 (0.3), 5 (0.3), 6 (0.05), 7 (0.05)

9 STR SHORT TANDEM REPEAT
A F CACACACACACACACACA

10 FIX gen FVIII gen Extragenové markery (proximální konec genu)
Intragenové markery FIX gen Extragenové markery (distální konec genu) Extragenové markery (proximální konec genu) Intragenové markery FVIII gen Extragenové markery (distální konec genu)

11 1 2 I. 2 F* 1 F 1 F 1 2 3 4 5 6 II. 1 F 1 F 1 F 2 F* F 2 F 2 F* 1 F 2 F 1 2 3 4 5 6 7 III. 1 F 1 F 1 F 2 F 2 F* 2 F 2 F* 1 F 2 F 2 F* 2 F

12 FAKTORY OVLIVŇUJÍCÍ SPOLEHLIVOST MOLEKULÁRNĚ GENETICKÉ DIAGNOSTIKY
nesprávná klinická diagnóza technické chyby záměna vzorků odběr mateřské tkáně místo fetálního, kontaminace chybná interpretace výsledků nedostatek biologického materiálu neinformativita rodiny non-paternita rekombinace mezi mutací a sledovaným markerem gonadální mozaicizmus