Vyšetření fMRI popis experimentu Dobrovolník II. 6.2.2001 17:00.

Prezentace na téma: "Vyšetření fMRI popis experimentu Dobrovolník II. 6.2.2001 17:00."— Transkript prezentace:

1 Vyšetření fMRI popis experimentu Dobrovolník II. 6.2.2001 17:00

2 Popis experimentu 2 Dobrovolník začne ihned po začátku měření pohybovat prsty pravé ruky tak, že se jimi střídavě dotýká palce pravé ruky. Nejprve malíček pak prsteníček, prostředníček, ukazováček a zase zpátky, pořád dokola v pravidelném rytmu. Tuto akci provádí po 20s, poté je 20s v klidu, pak 20s aktivity,... Během 20s aktivity i 20s klidu provedeme 6 sérií 16ti snímků hlavy v místě motorického kortexu. Doba snímání celé série 16ti snímků byla v našem experimentu asi 1.1s. Blíže viz obrázek na další straně

3 Popis experimentu 3

4 Umístění snímků 4

5 Funkční snímky 5 Echoplanární technika (EPI) Tyto snímky jsou T 2 * vážené Použité parametry: TR = 1500ms TE = 37ms flip angle = 90ms FoV = 192mm Velikost pixelu: 3x3mm 2 Tloušťka vrstvy = 3mm Matice 64x64 pixelů

6 Anatomické snímky 6 Jsou umístěny v přesně stejné pozici jako funkční Jsou T 1 vážené: FoV = 192mm Velikost pixelu: 0.43x0.43mm 2 Tloušťka vrstvy = 3mm Matice 512x512 pixelů

7 Předzpracování FUNKČNÍCH snímků pomocí programů MRIcro a SPM

8 Předzpracování funkčních snímků 8 MRIcro: Konverze z formátu DICOM do formátu Analyze, který používá SPM - naše snímky byli umístěny v tzv. „mosaice“ (16 snímků v jednom obrázku) SPM: Registrace - posun a rotace všech sérií (objemů) do stejného místa jako první objem. Normalizace - nelineární transformace objemu mozku do Talairachova prostoru Vyhlazení - odstranění prudkých změn intenzity v obraze

9 Registrace 9

10 Předzpracování funkčních snímků 10 Po: registraci, normalizaci a vyhlazení Původní funkční snímek

11 Předzpracování ANATOMICKÝCH snímků pomocí programů MRIcro a SPM

12 Předzpracování anatomických snímků 12 MRIcro: Konverze z formátu DICOM do formátu Analyze, který používá SPM - anatomické snímku již nejsou v mosaice SPM: Registrace a normalizace - proběhne podle parametrů vypočítaných při registraci a normalizaci fčních snímků. Segmentace - oddělení mozkomíšního moku, šedé kůry a bílé hmoty do samostatných objemů Nalezení „povrchu“ šedé kůry

13 Segmentace 13 Anatomický snímek Šedá kůra mozková Bílá hmota Mozkomíšní mok

14 Rekonstrukce šedé kůry mozkové 14

15 Statistické vyhodnocení funkce mozku pomocí programu SPM

16 Statistické vyhodnocení 16 SPM: Specifikace modelu experimentu - závisí na statistické metodě: My jsme pro vyhodnocení použili tzv.: General Linear Model Vyhodnocení dat podle specifikovaného modelu Vizualizace výsledků

17 Popis experimentu 17

18 Vizualizace výsledků 18 Maximum Intensity Projection Tailarachův prostor

19 Vizualizace výsledků 19 Sagitální, koronální a transverzální řez mozkem s doplněnou funkční informací

20 Vizualizace výsledků 20 Aktivace zobrazená na šedé kůře mozkové

21 Vizualizace výsledků 21 Aktivace na šedé kůře: Jiný způsob vizualizace - je zde vidět jak anatomická, tak funkční informace

22 Reference 22 Veškeré informace o problematice „Statistical Parametric Mapping“u nelzenete zde: [SPM99]Members & collaborators of the Wellcome Department of Cognitive Neurology: Statistical Parametric Mapping, 2001. Dokument dostupný na URL http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ (únor 2001). [MRIcro]Rorden Chris: MRIcro, free Medical Imaging Software, University of Nottingham, 2000, Dokument dostupný na URL http://www.psychology.nottingham.ac.uk/staff/cr1/mricro.html (únor 2001). Zde naleznete informace o konverzi DICOM obrázků do formátu Analyze a jejich předzpracování: