Molekulárně genetická vyšetření

Prezentace na téma: "Molekulárně genetická vyšetření"— Transkript prezentace:

1 Molekulárně genetická vyšetření
detekce mutací vyhledávání asymptomatických přenašečů vyhledávání přenašeček X vázaných onemocnění identifikace jedinců- paternita testování predispozice k onemocnění s rodinným výskytem prenatální vyšetření onkogenetika

2 DNA diagnostika dědičných chorob
Přímá mutační analýza - přímo detekuje chybnou informaci - mutaci, má diagnostickou výpovědní hodnotu. Nepřímá segregační analýza - využívá variabilních míst lidského genomu, v rodinách s jednoznačnou klinickou dg. u probanda pak může určit nositele patologické formy genu, v žádném případě nepotvrzuje diagnosu u probanda.

3 DNA analýza OLG FNB Cystická fibrosa
Duchenneova/Beckerova svalová dystrofie Neurofibromatosa I Neurofibromatosa II Myotonická dystrofie Maligní hypertermie Hemofilie A Syndrom dlouhého QT intervalu Y-chromosom-SRY, DAZ, sex-test MCAD - mutace A958G Exprese T-H genu - neuroblastom Synovial sarcoma - detekce t (X,18)

4 DNA analýza ČR, EU www.uhkt.cz
Databáze pracovišť DNA diagnsostiky v České republice EDDNAL NCBI OMIM

5 Počty vyšetřených pacientů
konzultace postnatálně karyotyp prenatálně karyotyp DNA pacienti DNA vyšetření FISH onkocytogenetika RNA vyšetření

6 Cystická fibrosa Lokalizace 7q
dýchací trakt Lokalizace 7q Frekvence nemocných v ČR cca 1/2000 – 1/3000 Frekvence přenašečů v ČR cca 1/25-1/29 Gen zmapován v roce 1989 V roce 2002 známo mutace játra pankreas tenké střevo reprodukce potní žlázy

7 Rozložení mutací v CFTR genu
Závažnost CF závisí na lokalizaci mutace nejzávažnější v : EX 10, 11, 12, 20, 21 - kódují NBD domény EX 3, 4, 7 - kódují transmembránové domény

8 Indikační skupiny CF – podezření na cystickou fibrosu, CF v rodě
Infertilita – opakované aborty, sterilita, neúspěšné IVF cykly Vyšetření dárců gamet PS -vyšetření příbuzných partnerů Jiná zátěž v rodě

9 Nejčastější mutace CFTR genu v české populaci
MUTACE ČETNOST VÝSKYTU U CF PAC EXON V ČR 1. dF ,8% 2. CFTRdele 2,3 (21kb) ,64% , 3 3. G551D ,03% N1303K ,02% 5. G542X ,22% G-A ,04% intron delT ,11% 8. R347P ,74% 9. W1282X ,55% 10. E92X ,37% 11. R1162X ,37%

10 Strategie vyšetření Od roku 1992 nejčastější mutace dF508
Od roku 1997 dF508 + screening exonu 11 – mutace G542X, G551D a R553X Od roku 2000 základní mutační analýza – mutace dF508, G542X, G551D, R553X + od roku mutace CFTR dele 2,3(21kb) U pacientů s podezřením na CF a u partnerů heterozygotů rozšířená mutační analýza – 8 ev CFTR dele 2,321kb) - celkem 30 mutací Sekvenace celého CFTR genu Prenatální diagnostika Preimplantační genetická diagnostika - příprava

11 Základní mutační analýza
Mutace lokalizace dF508 ex 10 del2,3(21kb) ex 2,3 G542X ex 11 G551D ex 11 R553X ex 11 Frekvence v ČR cca 80%

12 Rozšířená analýza Inno-lipa 8 mutací Ex 10…..dF508, dl507
Ex 20…..W1282X Ex11..…G542X,G551D (GtoA), R553X Ex 21…..N1303K Frekvence cca 85% Inno-lipa 12 mutací Ex 10……dF508, dl507 In10/ex11…G542X, G-A, G551D, R553X , R560T, Q552X Ex 20……W1282X, S1251N, 3905insT Ex 21 ……N1303K + dele 2,3(21kb) Frekvence cca 85 %

13 Inno-lipa 17 mutací Ex 3…394delTT, G85E, E60X Ex/in4…621+1GtoT, R117H
Ex 7…1078delT, R347P, R334W Ex 13…2143delT, 2183AAtoG, 2184delA In 5…711+5GtoA In 14b…2789+5GtoA Ex 19…R1162X 3659delC In 19… kbCtoT In 8/Ex 9…A455E, 5T, 7T, 9T 12+17+CFTRdele(2,3) Frekvence cca 95%

14 Počet vyšetření 1999-2001 Indikace Počet vyš. Heterozyg. Nemocní CF
527 115 20 Infertilita 548 22 Dárci 199 5 Příbuzní p. 139 3 Zátěž 85 2 Celkem 1498 147

15 Záchyt heterozygotů

16 Indikace Cystická fibrosa - heterozygoti
Genotyp Počet dF508 / non 87 G542X / non 8 CFRTdele 2,3(21kb) / n 7 R553X / non 2 kb CtoT / non 5 R347P / non 4 711+5 GtoA / non

17 Cystická fibrosa – genotyp nemocných
Počet dF508/dF508 8 CFTRdele2,3/1717-1 1 dF508/CFTRdele2,3 2 G542X/G542X dF508/G542X W1282X/N1303k dF508/R553X R347P/711+5 dF508/R347P dF508/5T dF408/

18