Stáhnout prezentaci
Prezentace se nahrává, počkejte prosím
1
Molecular Mechanics Molecular Dynamics
2
A Classical Mechanics A I. Classical mechanics and molecules A II. Molecular mechanics (MM) and molecular dynamics (MD) A III. Alternative formulations of Newton’s laws, Lagrange equations, Hamiltonan
3
Isaaca Newton ( ) F V Molecules: Central Importance of Energy
4
Boltzmann distribution
Partition function
5
Energy derivatives … molecular properties
6
Energy in MD Lennard Jones Potential
7
Coulomb (electrostatic) forces
QB Charles-Augustin de Coulomb 1785 RAB Coulomb (electrostatic) forces QA
8
(Covalent) bond
9
Bond Angle
10
Torsion (dihedral) angle
11
Out of plane wagging
12
MD Molecular Energy
13
“Anharmonic terms” “cross/mixed terms”
14
(MM) Minimization
15
(MM) Minimization Closest minimum to initial geometry
cannot overcome barriers
16
MD Motion: whole energy landscape (potential energy surface)
17
MD
21
Uveřejněné materiály jsou určeny studentům Vysoké školy chemicko-technologické v Praze jako studijní materiál. Některá textová i obrazová data v nich obsažená jsou převzataz veřejných zdrojů. V případě nedostatečných citací nebylo cílem autora/ů záměrně poškodit event. autora/y původního díla. S eventuálními výhradami se prosím obracejte na autora/y konkrétního výukového materiálu, aby bylo možné zjednat nápravu. The published materials are intended for students of the University of Chemistry and Technology, Prague as a study material. Some text and image data contained therein are taken from public sources. In the case of insufficient quotations, the author's intention was not to intentionally infringe the possible author(s) rights to the original work. If you have any reservations, please contact the author(s) of the specific teaching material in order to remedy the situation.
Podobné prezentace
