Stáhnout prezentaci
Prezentace se nahrává, počkejte prosím
1
ÚPT AVČR – oddělení Medicínské signály
2
SignalPlant workshop 2016 Program workshopu 17.10.2016 8:50-9:00 – Úvodní slovo 9:00-10:20 - Blok 1 (základy) Přestávka (stravenky k vyzvednutí v předsálí) 10:40-12:20 – Blok 2 (zajímavější věci) Oběd (12:45-13:15) 13:30-14:25 – Blok 3 (ještě zajímavější věci) Přestávka 14:45-15:45 – Blok 4 (nejzajímavější věci) 16:00-16:50 – Vystoupení ÚDiF
3
SignalPlant workshop 2016 Historie vývoje programu SignalPlant Vývoj od roku 2013 na oddělení medicínských signálů ÚPT AVČR z důvodů inspekce a značkování rozsáhlých EKG a EEG záznamů Koncem roku 2013 přidána možnost rozšiřování funkcionality pomocí plug-in modulů (v současnosti přes 30 – filtry, detekce, frekvenční analýza…) V roce 2014 rozšíření mimo ÚPT Zpřístupněno pro veřejnost v roce 2015. Pluginy vyvíjeny novými vývojáři. Submitováno pro časopis Physiological Measurement (prosinec 2015). Červenec 2016 - článek v časopise Physiological Measurement http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0967-3334/37/7/N38 http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0967-3334/37/7/N38 Říjen 2016 – první SignalPlant workshop A to jste i vy!
4
SignalPlant workshop 2016 Hlavní devizou SP je rychlost zobrazení + přátelské GUI, značkování, interaktivita při nastavování filtrů, nedestruktivní editace, rozšiřitelnost… http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0967-3334/37/7/N38
5
SignalPlant workshop 2016 Jak se instaloval SignalPlant ve světě? Registrované instalace od 1.10.2015 – 17.10.2016 celkem 483
6
Tak pojďme na to. A s jakými signály pracujete vy? SignalPlant workshop 2016
7
Blok 1- přednáška 1 – Základy SP (Instalace SP: https://signalplant.codeplex.com/ - po stažení rozbalte archiv)https://signalplant.codeplex.com/ Data „P1_zaklad. H5“ ke stažení na http://medisig.com/signalplant/workshop.html http://medisig.com/signalplant/workshop.html Výběr kanálů k zobrazení – myší či s pomocí masky Navigace v datech – myš/klávesnice/navigační panel/(SpaceMouse® později) Hladiny (datacache) – umožňují nedestruktivní editaci Vstupně – výstupní formáty (.h5,.edf,.mat,.csv,.txt,.d,.ecg,.wav,.bin,.svg,.eps,.png). Lze dále rozšířit pomocí pluginů. Pluginy – kde jsou v SP? A kde jsou na disku? Nápověda Zpětná vazba – kde hlásit chyby a kde žádat o novou funkcionalitu SignalPlant workshop 2016
8
Blok 1- přednáška 2 – Značky v SP Data „P2_znacky.h5“ na http://medisig.com/signalplant/workshop.htmlhttp://medisig.com/signalplant/workshop.html Značky slouží pro označení specifických oblastí v čase: artefakty, QRS komplexy v ECG, podněty v EEG… Mají tyto vlastnosti (a lze podle nich značky filtrovat): A) povinné - pozice vlevo, vpravo B) nepovinné - popis (info), skupina, validita, kanál Manuální vytvoření značky– Shift + klik/tažení Editace všech vlastností značky – dvojklik Snadná editace polohy je implicitně zamčená – (viz spodní okraj obrazovky) Seznam značek (CTRL+M) a jejich Export / Import SignalPlant workshop 2016
9
Blok 1- přednáška 3 – Filtry Data „P3_filtry.h5“ ke stažení na webu workshopu K čemu jsou filtry K odstranění závad v signálu (např. 50 Hz brum z rozvodné sítě) Ke zlepšení čitelnosti (např. odstranění izolinie v EKG) Ke zviditelnění určitých rysů, které v původním signálu nejsou patrné SignalPlant implementuje tyto filtry Smoothing(averaging, vyhlazení), IIR, FIR a FFT … Kde je najdeme? Plugins/filters Jak připojíme kanál do filtru? Kanálů může být libovolný počet. Mají (zpravidla) interaktivní nastavení – ukazují živý náhled Vytvářejí novou hladinu (datacache) => jsou nedestruktivní => pozor na RAM SignalPlant workshop 2016
10
Děkuji za pozornost Filip Plešinger fplesinger@isibrno.cz SignalPlant workshop 2016
11
Blok 1- přednáška 4 – Python - Matlab http://signalplant.codeplex.com/ HDF View https://support.hdfgroup.org/HDF5/ https://support.hdfgroup.org/products/java/hdfview/ GitHub https://github.com/pklimes/signalplant_hdf https://github.com/jchrom/eeglab2mat Multiscale Electrophysiology Format - mef http://msel.mayo.edu/research.html SignalPlant workshop 2016
Podobné prezentace
