Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér.

Prezentace na téma: "Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér."— Transkript prezentace:

1 Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér

2 Cíle projektu inovovat praktické cvičení "Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin (B120C44)" seznámit studenty s dalšími třemi moderními metodami analýzy variability DNA připravit pracovní návody a studijní materiály pro studenty a umístit je na web rozšířit webové stránky s informacemi o metodách

3 Postup řešení 1.rozšíření praktického kurzu o další tři metody studia DNA 2.příprava textů s návody a protokoly pro praktické cvičení a jejich umístění na webové stránky 3.rozšíření webové stránky s informacemi o metodách

4 Rozšíření praktického kurzu „Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin“ praktické cvičení pro magisterské a doktorandské studium systematické a ekologické botaniky volně navazuje na přednášku týdenní praktické cvičení v DNA laboratoři rozšířeno o další týden sylabus kurzu je k nalezení na adrese https://twinsen.natur.cuni.cz/sis/predmety/kod.php? kod=B120C44 https://twinsen.natur.cuni.cz/sis/predmety/kod.php? kod=B120C44 rozšířené cvičení bude zavedeno v SISu v letošním roce

5 Syllabus praktického cvičení 1.týden – základní cvičení –extrakce DNA, měření koncentrace, ředění DNA –PCR, RAPD – test primerů, elektroforéza, horizontální agarosový gel –PCR-RFLP – amplifikace cpDNA, štěpení získaných PCR produktů, vertikální polyakrylamidový gel –vyhodnocování dat použitím specializovaného software - indexy diverzity a podobnosti, tvorba stromů, PCoA, AMOVA 2.týden – rozšířené cvičení –sekvenování DNA –AFLP –mikrosatelity –zpracování primárních dat (editace sekvencí, GeneScan, Genographer, GeneMarker) –analýza dat – MSA…

6 Syllabus rozšířeného cvičení 1.den – sekvenování DNA –PCR amplifikace (cpDNA, ITS…) –cyklické sekvenování (BigDye v3.1) 2.den – AFLP –restrikce/ligace (AFLP Core Reagent Kit – f. Invitrogen) –preamplifikace, selektivní amplifikace 3.den – mikrosatelity –PCR amplifikace (chloroplastové, jaderné) –analýza na automatickém sekvenátoru 4.den – zpracování primárních dat –prohlížení chromatogramů, tvorba contigů, alignment –analýza fragmentačních dat v programu GeneScan a GeneMarker 5.den – analýza dat –konstrukce stromů (TreeCon, PAUP…) –analýza dominantních (AFLP) a kodominantních (mikrosatelitových) dat

7 Sekvenování DNA PCR amplifikace zvoleného úseku cyklické sekvenování –sekvenační kit – BigDye v3.1 editace sekvencí, tvorba contigů

8 AFLP s využitím kitů f. Invitrogen restrikce/ligace preamplifikace selektivní amplifikace analýza primárních dat – GeneScan v3.7 hodnocení profilů – Genographer

9 Mikrosatelity chloroplastové –univerzální primery jaderné – Nymphoides peltata –publikované specifické primery PCR, multiplex PCR analýza primárních dat – GeneMarker hodnocení dat – MicroSatelliteAnalyser

10

11 Vytvoření textů s návody pro praktické cvičení PDF soubor s návody a protokoly pro studenty možno nalézt na adrese http://botany.na tur.cuni.cz/dna/ download/proto koly2.pdf http://botany.na tur.cuni.cz/dna/ download/proto koly2.pdf

12 Texty pro praktické cvičení Rozděleny do několika částí: A. PROTOKOLY (sekvenování DNA, AFLP, mikrosatelity) B. NÁVODY (zacházení s přístroji, příprava elektroforetických gelů) C. Analýza primárních dat (využití specifického software) D. vyhodnocování kodominantních dat (mikrosatelity) E. Vyhodnocování dominantních dat (RAPD, AFLP…) Přílohy (tabulky primerů, obrázky žebříčků...) http://botany.natur.cuni.cz/dna/download/protokoly2.pdf

13 Rozšíření webových stránek o metodách studia DNA http://botany.natur.cuni.cz/dna/ přehled metod protokoly k jednotlivým metodám možnosti použití metod způsoby vyhodnocování získaných dat tabulky s údaji o různých primerech odkazy na další webové zdroje

14

15 Shrnutí rozšíření praktického cvičení zařazení do studijních plánů a SIS PřF UK v letošním roce vytvoření návodů a protokolů pro studenty a jejich umístění na web rozšíření webové stránky o metodách studia DNA

16 Čerpání financí (182 tis.) drobný dlouhodobý majetek (25 tis.) sada kvalitních pipet služby (10 tis.) spotřební materiál (133,5 tis.) chemikálie – sekvenační kit, značené primery, polymeráza, PCR purifikační kit, další chemikálie… spotřební laboratorní materiál – špičky, eppendorfky, PCR zkumavky, rukavice… odměny + pojištění (10+3,5 tis.)