MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -1- Ivo Kabelka, 1 Jakub Štěpán, 1,2 Jaroslav Koča 1,2, and Petr Kulhánek 1,2

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
PLAYBOY Kalendar 2007.
Advertisements

Assessment of ETCS Definition in Term of its Formalisation
Produkce odpadů 2002 – 2007 obce ORP Šumperk
2 3 Lokalita Pod Javornic kou silnicí 4 směr Solnice směr Javornice směr Vamberk CENTRUM 10min. směr Častolovice.
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
Liquid ring compressor
Novinky ze zahraničí IVIG 2008
FC Waterpipe SP tým Historie 14. Května 2005 Klub založen.
Evoluce Katalýza. © 2011 Nature Publishing Group. Published by Nature Publishing Group.2 Figure 1 Rapid evolutionary innovation during an Archaean.
Metodický list Pořadové číslo: VY_32_INOVACE_ I.C.20 Název pro školu:EU AJ 1.stupeň 20 Název materiálu:Christmas Autor:Mgr. Hana Opálková Vzdělávací obor:Anglický.
*Zdroj: Průzkum spotřebitelů Komise EU, ukazatel GfK. Ekonomická očekávání v Evropě Březen.
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_14_AJ_FT Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
2.1 School Practise „have got“
Prof. Ing. Jan Flusser, DrSc. Digitální zpracování obrazu
Mission of the Chamber – since 1996
SharePoint technologie WSS 3.0 a MOSS 2007 Tomáš Kutěj TSP – Office platform Microsoft.
Spektra zatížení Milan Růžička 1 Dynamická pevnost a životnost
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
Tutorial :Mechanic - electrician Topic: Electrical measurements the 2nd. Year Performance measurement DC, AC 1f Prepared by: Ing. Jiří Smílek Projekt.
Terezie Rosová MARCH MAY JUNE JUNE-SEPTEMBER SEPTEMBER OCTOBER.
Profiles Here you can find some information on members of the czech team. i i Information Základní škola náměstí E. Beneše, Varnsdorf, Czech republic
CPSSU Czech Political Science Students’ Union Unie studentů politických věd v ČR.
Přítomné časy, budoucí – will, minulý čas prostý - 6. ročník Základní škola Jakuba Jana Ryby Rožmitál pod Třemšínem Efektivní výuka pro rozvoj potenciálu.
Practical experience with implementation of GMP + B4.1 system Miloslav Válek The association of road transport operators ČESMAD BOHEMIA.
Jméno autora:Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu:VY_32_INOVACE_06_AJ_ACH Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast: Jazyk a jazyková.
Jméno autora: Mgr. Olga Bayerlová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_17_AJ1G Ročník: II. Anglický jazyk Vzdělávací oblast: Jazyk a jazyková.
Název školy Základní škola Domažlice, Komenského 17 Číslo projektu CZ.1.07/1.4.00/ Název projektu „EU Peníze školám ZŠ Domažlice“ Číslo a název.
ZŠ a MŠ Olšovec, příspěvková organizace Vzdělávací materiál, šablona – Inovace a zkvalitnění výuky směřující k rozvoji matematické gramotnosti žáků základní.
Around London in 15 minutes Autor: Mgr. Zdenka Mléčková
FLIS related activities in CZ Miroslav Havránek NRC FLIS MEETING,
Czech Republic Its population is: inh. and surface area is Km 2. The official language is the Czech. Its capital is Prague. Czech Republic.
VY_32_INOVACE_16_TO BE PREZENTACE
September 06 – August 07 Petr Kolesa. Fulbright Commission Programy pro studenty a absolventy Fubrightovo stipendium pro doktorské studium vědy a techniky.
Aktivity kolem OI a mimo ni Osnova Baylor ACM Contest UPE RedHat Minor OI – Enterprise system development – Bezpečnost.
Podpora rozvoje cizích jazyků pro Evropu 21. stol. INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním.
Setkání uživatelů SFX Statistické reporty SFX.
Tutorial: Engineering technology Topic: Transmission by gear wheels Prepared by: Ing. Jaroslav Hábl Projekt Anglicky v odborných předmětech, CZ.1.07/1.3.09/
Dělení se zbytkem 2 MODERNÍ A KONKURENCESCHOPNÁ ŠKOLA
Vizualizace projektu větrného parku Stříbro porovnání variant 13 VTE a menšího parku.
Vzdělávací materiál / DUMVY_32_INOVACE_02B14 Příkazový řádek: obsah souborů PŘÍKLADY AutorIng. Petr Haman Období vytvořeníLeden 2013 Ročník / věková kategorie3.
Dělení se zbytkem 3 MODERNÍ A KONKURENCESCHOPNÁ ŠKOLA
MODERNÍ A KONKURENCESCHOPNÁ ŠKOLA reg. č.: CZ.1.07/1.4.00/ Základní škola, Šlapanice, okres Brno-venkov, příspěvková organizace Masarykovo nám.
Jméno autora: Mgr. Mária Filipová Datum vytvoření: Číslo DUMu: VY_32_INOVACE_01_AJ_EP Ročník: 1. – 4. ročník Vzdělávací oblast:Jazyk a jazyková.
Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ.
Dělení se zbytkem 5 MODERNÍ A KONKURENCESCHOPNÁ ŠKOLA
O.Topolčan, Š. Svobodová, H.Rosolová Medical Faculty nad Faculty Hospital Pilsen Czech Republic.
projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ předpověď počasí na 13. května 2014.
projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ
Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není – li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.

Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. Předpověď počasí na
ProcvičujemenásobilkuProcvičujemenásobilku Klikni na libovolné číslo, objeví se.
Jazyk a jazyková komunikace Cizí jazyk Nezbytná gramatika v angličtině Prepositions VY_22_INOVACE_21 Sada 4 Základní škola T. G. Masaryka, Český Krumlov,
předpověď počasí na 14. května 2009 OBLAČNOST 6.00.
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
Startegie a perspektivy trhu s biopalivy v ČR Česká zemědělská universita, Praha, listopad Česká asociace petrolejářského průmyslu a obchodu.
Projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ. projekt PŘEDPOVĚĎ POČASÍ.
Obchodní akademie, Ostrava-Poruba, příspěvková organizace
Tento Digitální učební materiál vznikl díky finanční podpoře EU- OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Není – li uvedeno jinak, je tento materiál zpracován.
Mít rád Fill in the blanks with the appropriate forms of mít rád in both the present and past. Vzor: Radek ____ hudbu. Radek má rád hudbu. Radek měl rád.
1 Škola: Gymnázium, Brno, Slovanské náměstí 7 Šablona: III/2 – Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Název projektu: Inovace výuky na GSN prostřednictvím.
HRAJEME SI S ČÍSLY ODČÍTÁNÍ V OBORU DO 20 VY_32_INOVACE_19 Vypracovala: Klumparová Zuzana ZŠ a MŠ OLŠOVEC, přísp. org.
Ovoce a zelenina 4. ročník

Statistická analýza dat
Comparison of pictures
Think Tanks in the Czech Republic Martin Bajtler.
Čeština: 1. lekce Czech language: 1st lesson
CONCLUSIONS AND RECOMMENDATION
Transkript prezentace:

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -1- Ivo Kabelka, 1 Jakub Štěpán, 1,2 Jaroslav Koča 1,2, and Petr Kulhánek 1,2 1 National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Kotlářská 2, Brno, Czech Republic 2 CEITEC – Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, Brno, Czech Republic Study of BsoBI Endonuclease By Molecular Dynamics

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -2- BsoBI Nuclease  type II restriction endonuclease from Geobacillus stearothermophilus  optimal cleavage at 65 ˚C  recognizes short palindromatic sequence C|PyCGPuG  cofactor - 2 Mg 2+ atoms Ruan, H.; Lunnen, K. D.; Scott, M. E.; Moran, L. S.; Slatko, B. E.; Pelletier, J. J.; Hess, E. J.; Benner, J., 2nd; Wilson, G. G.; Xu, S. Y. Cloning and sequence comparison of AvaI and BsoBI restriction-modification systems. Mol. Gen. Genet. 1996, 252, 695–699.  homodimeric enzyme - both in free form and in complex with DNA (2x323 AA)  capable of cleaving both linear and circular DNA molecules  20 Å long tunnel for DNA recognition  complete encirclement of DNA helical domains catalytic domains monomer A monomer B DNA

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -3- Experimental study Dikić, J. The conformational dynamics of BsoBI, analyzed by fluorescence spectroscopy down to the single molecule level. Thesis, Giessen, fluorescent probes: acceptor and donor FRET – Fluorescence Resonance Energy Transfer efficiency is proportional to acceptor-donor distance single molecule level (diluted solution) Proposed conformational changes

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -4- Motivation  TBW, main questions, only text

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -5- Molecular Dynamics - complex  input structure PDB ID: 1DC1  pmemd from AMBER v12  parm99SBbsc0 + TIP3P water  c(NaCl) ~ 0.15 M  298 K and 1 bar protein + DNA

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -6- Molecular Dynamics – no DNA only protein DNA removed with DNA (150 ns) no DNA

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -7- Molecular Dynamics – no DNA only protein DNA removed d1

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -8- Metadynamics  TBW, theory, CV, setup

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -9- MTD - Collective Variable Evolutions

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -10- MTD - Free Energy Estimates

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -11- Principal Component Analysis no DNA MTD IndexEigenValue

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -12- Opened Enzyme salt bridges

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -13- Contradictions Dikić, J. The conformational dynamics of BsoBI, analyzed by fluorescence spectroscopy down to the single molecule level. Thesis, Giessen, In the apo-enzyme (no cofactor present) both distances are shorter than in the complex.

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -14- Contradictions Dikić, J. The conformational dynamics of BsoBI, analyzed by fluorescence spectroscopy down to the single molecule level. Thesis, Giessen, In the apo-enzyme (no cofactor present) both distances are shorter than in the complex. MD simulations

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -15- Donor/Acceptor Structures Alexa594 CC 19 Å

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -16- Donor/Acceptor Dynamics E153C E290C "closed""open"

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -17- Conclusions  Main outcomes

MIB VI, 16 th – 19 th September 2013, Mariánské lázně -18- Acknowledgements  Financial support  CEITEC  GACR  Computational resources  MetaCentrum  CERIT-SC