QF-PCR v prenatální diagnostice častých aneuploidií - naše pětileté zkušenosti . M. Putzová & GENNET
Prenatální diagnostika CHA v roce 2006 (Gregor 2007)
Princip QF-PCR kvantitativní amplifikace specifických, vysoce polymorfních STR lokusů produkty PCR délka fragmentů závisí na počtu STR opakování množství produktů závisí na množství templátové DNA umožňuje zjistit parentální a meiotický původ aneuploidie
QF-PCR rychlá alternativní metoda (výsledky do 24 hodin) výhody: rychlost cena nevýhody: testuje pouze vybrané chromozomy nedetekuje mozaikové formy trizomií, pokud je aneuploidních buněk méně než 20%
Indikace QF-PCR: riziko neúspěchu kultivace (v pokročilém stádiu těhotenství, při zhoršené kvalitě PV) průkaz morfologických VVV ultrazvukem vysoké riziko chromozomálních aberací zjištěné biochemickými testy psychický stav matky vyšetření karyotypu u SAB
2 typy QF-PCR (v závislosti na indikaci): Vyšetření pouze chromozomu 21 zahrnuje 6 STR markerů spacifických pro chr.21 + marker na určení pohlaví Vyšetření chromozomů 13, 18, 21 a pohlavních chromozomů zahrnuje 22 STR markerů
Nedetekovatelné QF-PCR 12 3 Trizomie 21 61 42 Trizomie 18 29 Nález 2M test (n= 2911) (CVS + AMC) T21 test (n=3437) pouze AMC Normální nález 2732 3402 Klinicky významné CHA 142 ( 5.2 %) 48 (1.4 %) Nedetekovatelné QF-PCR 12 3 Trizomie 21 61 42 Trizomie 18 29 Netestováno (nevyskytla se) Trizomie 13 8 Netestováno (1 případ ) Aneuploidie pohlavních chromozomů 20 Netestováno (2 případy -47,XXY) Triploidie Neanalyzovatelné-maternální kontaminace (pouze 0,3%) 10
Celkový počet CHA 242/6348=3.8% Kategorie Počet případů (%) CHA detekovatelné QF-PCR 190 78.5 Všechny CHA nedetekovatelné QF-PCR 52 21.5 CHA s nejasnou prognózou 15 6.1
QF-PCR chr.13, 18, 21 + AML
Aneuploidie pohlavních chromozomů
Reported heterozygosity rates (%) STR Marker Reported heterozygosity rates (%) Detected heterozygosity rates in Czech population (%) D21S1435 811 77,5 D21S11 (=D21S1414) 801; 902 83,3 D21S1270 801 85,6 D13S634 651; 81,22 83,6 D18S535 761 77,6 D18S391 651; 752 64,2 D13S742 94,0 D13S386 631; 87,52 95,5 D13S305 581; 752 88,1 D18S978 92,863 70,0 D21S1411 491; 93,32 87,3 D21S499 712 D13S628 621; 68,82 76,1 D21S1432 651 67,0 D13S631 581; 93,82 81,5 D13S258 721; 87,52 84,1 D18S51 651; 833 88,9 D21S1446 691; 783 76,9
Marker D13S634
Nový multiplex- 22 STR markerů v jedné reakci chromozom počet STR markerů 21 6 18 4 13 pohlavní chromozomy 8
MARKER HET značení pozice AMX/AMY - P Xp22.2/Yp11.2 D18S391 0,75 V 18p11.31 D21S1432 0,65 F 21q21.1 D18S1002 0,8123 N 18q11.2 D13S631 0,938 13q32.1 DXS7424 0,819 Xq22.1 X22 0,825 Xq28/Yq12 D18S51 0,889 18q21.33 D21S11(D21S1414) 0,9 SRY Yp11.31 DXS1189 0,8 Xp22.2 XHPRT 0,779 Xq26.2 D21S1412 21q22.2 D13S258 0,875 13q21.33-q22.1 DXS101 0,8948 D21S1411 0,933 21q22.3 D18S386 18q22.1 D21S1435 0,81 21q21.3 D21S1437 0,7845 D13S305 13q13.3 DXS8377 0,95 Xq28 D13S742 13q12.12
Screening 21 6 STR specifických pro chr. 21 + Amelogenin
Vyšetření SAB U SAB do 12.tt doplňujeme o vyšetření chromozomů 2, 7, 15, 16 a 22
Výsledek analýzy QF-PCR u SAB Počet případů Celkový počet vzorků 1229 Celkový počet vzorků s vyloučením maternální kontaminace 981 (80%) Normální nález 791 Zjištěné CHA 190 Trizomie 21 32 (17%) Trizomie 18 10 (6%) Trizomie 13 9 (5%) Aneuploidie pohlavních chromozomů 29 (15%) Triplodie 52 (27%) Tetraploidie 2 (1%) Trizomie 16 Trizomie 15 8 (4.2%) Trizomie 22 9 (4.7%) Kompletní mola (46,XX)-paternálního původu 7 (3.7%) Kompletní mola – aneuploidní 47,XXY 1 Dvojitá trizomie (48,XX,+18,+22) Trojitá trizomie (49,XXY,+16+21) Kontaminace vzorku biologickým materiálem matky-vyřazeno z další analýzy 248 (20%)
Poděkování všem spolupracovníkům Kliničtí genetici: David Stejskal Věra Krutílková Eva Hlavová Michaela Hejtmánková Dáša Rašková Laboratoř molekulární genetiky: Martina Putzová Inna Soldátová Lubomíra Pecnová Lucie Dvořáková Marie Čermáková Irena Smetanová Kateřina Zálešáková Hanka Kuntová Fetální UTZ: Dagmar Smetanová Eduard Kulovaný Barbora Hellerová Martin Hynek