Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Praktikum z genetiky rostlin JS 2008 1. 1. Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana 2. 2. Genetické mapování genu odolnosti k padlí.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Praktikum z genetiky rostlin JS 2008 1. 1. Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana 2. 2. Genetické mapování genu odolnosti k padlí."— Transkript prezentace:

1

2 Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí travnímu u ječmene Využití mapovacího softwaru Identifikace transgenních rostlin Arabidopsis thaliana

3 Genetické markery Marker (genetický marker) = signální gen, signální linie morfologické bílkovinné (izoenzymy) DNA 1. založené na hybridizaci DNA 2. založené na polymerázové řetězové reakci amplifikace - specifických sekvencí - náhodných sekvencí

4 Vlastnosti markerů vysoký polomorfizmus kodominantní charakter dědičnosti častý výskyt v genomu nezávislost na podmínkách prostředí snadná dostupnost snadné a rychlé testování vysoká reprodukovatelnost snadná výměna údajů mezi laboratořemi

5 Typy DNA markerů: 1. založené na hybridizaci DNA 2. založené na polymerázové řetězové reakci amplifikace - specifických sekvencí - náhodných sekvencí Klasifikace DNA markerů podle použitých sond: 1. jednokopiové a vícekopiové sondy RFLP (Restriction fragment length polymorphism CAPS 2. mnohokopiové sondy mikrosatelity, RAPD, AFLP

6 - Izolace DNA - Restrikční analýza - Elektroforetická separace - Přenos DNA na membránu - Značení sondy - Hybridizace - Vizualizace Schéma RFLP markerů

7 Schéma SSR markerů

8 Schéma CAPS markerů

9 RAPD - random amplified polymorphic DNA AP-PCR - arbitrarily primed PCR DAF - DNA amplification fingerprinting SCAR - sequence characterised amplified regions

10 RAPD příklady : ječmen Analyzována kolekce jarních ječmenů využívaných ve šlechtění na sladovnickou kvalitu Malé rozdíly v genetickém založení kolekce

11 AFLP - amplified fragment length polymorphism

12 Vhodný pro hodnocení genových zdrojů vyhledávání markerů kvantitativní znaky

13 Využití genetických markerů Základní výzkum i šlechtění Studium rostlinných genomů Otisk DNA (fingerprinting) Stanovení evolučních vztahů (příbuznost genotypů), taxonomie Genetické mapování

14 3. Genetické mapování 1. Konstrukce genetických map určitého druhu 2. Identifikace nových DNA markerů - - Vytváření nástrojů pro MAS (marker- assisted selection) - - Poziční klonování genů

15 Konstrukce genetických map hlavních plodin 1986 – 1. mapa RFLP markerů u kukuřice a rajčete Databáze projektů zabývajících se mapováním rostlinných genomů (celkem pro 66 různých druhů rostlin)

16 Teoretické otázky genetického mapování rostlinných genomů Podstata genetického mapování Pravděpodobnost vzniku crossing-overu mezi 2 lokusy Polymorfizmus a jeho detekce Výchozí křížení

17 Populace využívané k mapování F 2 znak dominantní 3:1 znak kodominantní 1:2:1 B 1 1:1 Dihaploidní linie – homozygotní materiál Rekombinantní inbrední linie (RIL) Blízké izogenní linie (NIL) Znaky kvalitativní x znaky kvantitativní Velikost populace Počet DNA markerů pro zachycení vazby

18 Úkol č. 1 Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Arabidopsis thaliana Materiál: morfologická mutace ly Populace F 2 DNA markery – SSR (Simple sequence repeats ) mikrosatelity – CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequences)

19 Columbia lycopodioformis

20 Schéma křížení

21 Lokalizace používaných DNA markerů v genetické mapě Arabidopsis thaliana CAPS zeleně SSR černě

22 Typy DNA markerů Schéma SSR markerů

23 Schéma CAPS markerů

24 SSR a CAPS markery použité pro mapování ly 5. chromozom Název Pozice Typ Polymorfismus (bp) PCR cyklus Název Pozice Typ Polymorfismus (bp) PCR cyklus Col S96 Col S96 CIW15 8,5 cM SSR CIW15 8,5 cM SSR CIW17 9,0 cM CAPS / CIW17 9,0 cM CAPS / nga ,3 cM SSR nga ,3 cM SSR

25 Postup 36 vzorků DNA ly z F 2 Kontroly: rodiče, F 1 Reakční směs pro SSR markery Reakční směs pro SSR markery ELFO ELFO Reakční směs pro CAPS markery Reakční směs pro CAPS markery Štěpení enzymem AccI 37 ºC 3h – CIW17 Štěpení enzymem AccI 37 ºC 3h – CIW17 ELFO ELFO


Stáhnout ppt "Praktikum z genetiky rostlin JS 2008 1. 1. Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana 2. 2. Genetické mapování genu odolnosti k padlí."

Podobné prezentace


Reklamy Google