Ziheng Yang Bill Pearson Aidan Budd Nick Goldman.

Prezentace na téma: "Ziheng Yang Bill Pearson Aidan Budd Nick Goldman."— Transkript prezentace:

1 Ziheng Yang Bill Pearson Aidan Budd Nick Goldman

2 Alignment nekódující DNA (Ari Loytynoja)

3 Radka Storchová Koalescenční modely divergence populací

4 Wright-Fisher model Sir Ronald Fisher Sewall Wright

5 MRCA Teorie koalescence John Kingman

6 Isolation with Migration (IM) NANA N1N1 N2N2 t m1 m2 Koalescenční modely

7 Migrate, Lamarck m1 m2 m3 m4 m5 m6 N1N1 N2N2 N3N3 Koalescenční modely

8 MCMC coal N1N1 N2N2 N3N3 NANA t1t1 t2t2 Koalescenční modely

9 Aplikace „Isolation with Migration“ modelu na dva druhy slavíků NANA N1N1 N2N2 t m1 m2

10 IM Vstupní data nukleotidové sekvence/mikrosatelity předpoklady - neutralita - žádná rekombinace v rámci lokusu - volná rekombinace mezi lokusy mutační rychlost

11 ima -i IM_input.txt -o IM_output5.out -q1 10 -m1 1.4 -m2 1.2 -t 4 -b 1000000 -l 1.0 -fg -n 15 -g1 0.8 -g2 0.9 -p1345 -s 634264 Příklad jak spustit IMa program: IM Odhad parametrů pomocí Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulací

12 Výstup 3 simulace (1) pro všechny geny, (2) pro autosomální geny, (3) pro Z-vázané geny all chrA chrZ IM Nm t