Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz molekulární vs. morfologická data ve fylogenetické analýze časté zdroje chyb kombinovaná vs. oddělená.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz molekulární vs. morfologická data ve fylogenetické analýze časté zdroje chyb kombinovaná vs. oddělená."— Transkript prezentace:

1 8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz molekulární vs. morfologická data ve fylogenetické analýze časté zdroje chyb kombinovaná vs. oddělená analýza klasifikace evoluční scénáře historická biogeografie

2 Výhody molekulárních dat velký počet znaků široké použití (rozdílné substituční rychlosti) známý genetický původ, nezávislost objektivní výběr a definice Výhody morfologických dat umožňují zahrnout více taxonů fosílie každý znak kódován jiným genem/souborem genů morfologie je stále hlavní metodou rozpoznávání organizmů

3 Příčiny konfliktů a chyb ve výsledcích slabá data v jedné/obou analýzách (často nedostatečný počet znaků/taxonů) chyby ve znacích –chybné určení základního plánu vyšších taxonů –znaky nejsou homologické –znaky nejsou nezávislé –špatné vážení znaků –sekvence nejsou informativní –artefakty (kontaminace, špatná determinace, chyba v přepisu dat) porušení předpokladů metody konstrukce stromu rozdílná poloha kořene evoluce genu se liší od evoluce taxonu

4 Kombinovaná vs. oddělená analýza různé typy dat: morfologie/molekuly, gen1/gen2, dospělci/larvy, embryologie, chování apod.

5 Kombinovaná analýza simultánní analýza, total evidence filozoficky lepší přístup, maximalizuje sílu vysvětlení často je výsledný strom lépe rozlišen

6 Oddělené analýzy data rozdílná svou podstatou by měla být analyzována zvlášť, nezávisle lze použít rozdílné algoritmy lepší v případě velmi rozdílného – obsahu homoplázie (informace/šum) – počtu znaků rozdílné taxony (superstrom, supertree) testy nesouladu mezi dvěma datovými soubory: incongruence length difference (ILD, Farris et al. 1995), Templetonův test, atd.

7 Výhody klasifikace založené na fylogenezi informativnost schopnost predikce stabilita objektivita (opakovatelnost) přirozenost

8 Způsoby vyjádření hierarchie Linnéovský systém kategorií číselný systém odsazení (indentace) fylokód (http://www.ohiou.edu /phylocode/)

9 Převod fylogeneze do systému 1)formálně klasifikujeme jen monofyletické skupiny 2)každá klasifikace musí logicky souhlasit s hypotézou o fylogenezi, kterou zastáváme 3)klasifikace by měla odrážet sesterské vztahy mezi taxony Doporučení -Linnéovský systém kategorií -pokud možno minimálně měnit existující klasifikaci -postupně se odvětvujícím skupinám lze konvenčně přiřadit stejnou kategorii -monofyletické taxony s nejistou příbuzností zařadit jako incertae sedis na úroveň hierarchie, do které jistě patří

10 Logický soulad klasifikace s fylogenezí čeleď Goodeidae podčeleď Epetrichthyinae rod Empetrichthys rod Crenichthys podčeleď Goodeinae (mnoho rodů) Goodeinae CrenichthysEmpetrichthys CrenichthysGoodeinaeEmpetrichthys klasifikace je v logickém souladu s hypotézou o fylogenezi

11 Logický nesoulad klasifikace s fylogenezí čeleď Cidae podčeleď Ainae rod Aus rod Bus podčeleď Cinae rod Cus CusBusAus CusBusAus klasifikace není v logickém souladu s hypotézou o fylogenezi

12 Lissamphibia Mammalia Chelonia Lepidosauria Crocodylia Aves Tetrapoda Lissamphibia Amniota Mammalia Reptilia Chelonia Sauria Lepidosauria Archosauria Crocodylia Aves

13 Testování evolučních scénářů

14

15

16 Historická biogeografie a studium koevoluce srovnává historii skupiny s historií geografických oblastí nebo historií jiné skupiny organizmů (parazité-hostitelé) taxon se dnes vyskytuje v určité oblasti / na určitém hostiteli, protože se: a) vyvinul z předka, který v oblasti / na hostiteli žil (historie taxonu a oblasti/hostitelské skupiny jsou v souladu) b) vyvinul jinde, ale do oblasti se dodatečně rozšířil / kolonizoval nového hostitele (historie obou skupin do detailu nesouhlasí)

17 Kladistická biogeografie oblasti rozšíření taxonů se v čase rozdělují – vikariance vstupní data: - taxony - oblasti endemismu postup: 1) kladogram taxonů2) taxon-area cladogram

18 3) vyřešení general area cladogram 4 teor. způsoby lišící se přístupem k široce rozšířeným taxonům a oblastem, kde taxon chybí Brooks Parsimony Analysis (BPA) Assumption 0 Assumption 1 Assumption 2 AUSNGSAAF BPA

19 Koevoluce parazitů a hostitelů srovnáváme fylogenezi dvou skupin organizmů kospeciace vs. přesun na jiného hostitele


Stáhnout ppt "8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz molekulární vs. morfologická data ve fylogenetické analýze časté zdroje chyb kombinovaná vs. oddělená."

Podobné prezentace


Reklamy Google