Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Petr Čech Laboratoř informatiky a chemie VŠCHT Praha Dolce: Databáze lokálních konformací DNA.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Petr Čech Laboratoř informatiky a chemie VŠCHT Praha Dolce: Databáze lokálních konformací DNA."— Transkript prezentace:

1 Petr Čech Laboratoř informatiky a chemie VŠCHT Praha Dolce: Databáze lokálních konformací DNA

2 Motivace biologické makromolekuly se účastní procesů probíhajícíh v živých organismech biomakromolekuly spolu interagují – interakce mění jejich strukturu protein DNA protein/DNA

3 Struktura DNA

4 nukleotid Struktura DNA stavební jednotky

5 Struktura DNA variabilita na lokální úrovni dinukleotid

6 Struktura DNA variabilita na lokální úrovni dinukleotid„suite“

7 1.Vyvinout automatický proces klasifikace lokálních konformací DNA  aplikace metod strojového učení ve strukturní biologii 2.Vytvořit databázi strukturních dat  do databáze zahrnout klasifikaci lokálních konformací DNA Cíle

8 Klasifikace lokálních konformací DNA Publikace IF = Svozil D., Kalina J., Omelka M., Schneider B. DNA conformations and their sequence preferences. Nucleic Acids Research, 2008, 36 (11) Datová množina – „zlatý standard“  447 struktur ≈ dinukleotidů 18 tříd

9 1.přiřazení dat do již známých tříd  metody strojového učení, klasifikátory k-NN (k – Nearest Neighbour) MLP (Multi-layer perceptron) RBF (Radial Basis Function) RR (Regularised Regression) 2.v nepřiřazených datech najít nové třídy  shluková analýza  vlastní algoritmus, maximální odchylka torzních úhlů 20° : α, ε, ζ, χ | 30° : β | 15° : γ | 10° : δ Automatizace klasifikace lokálních konformací DNA

10 Automatický postup pro klasifikaci lokálních konformací DNA Publikace IF = 3.02 Čech P., Kukal J., Černý J., Schneider B., Svozil D., Automatic workflow for the classification of local DNA conformations. BMC Bioinformatics, 2013, 14(1)

11 Publikace IF = 3.02 Čech P., Kukal J., Černý J., Schneider B., Svozil D., Automatic workflow for the classification of local DNA conformations. BMC Bioinformatics, 2013, 14(1) Automatický postup pro klasifikaci lokálních konformací DNA Aplikace na DNA struktury  (~ únor 2013) => dinukleotidů 91 % přiřazeno nalezeno 6 nových tříd

12 Dolce Databáze lokálních konformací DNA

13 Dolce aktuální stav databáze Publikace v přípravě Čech P., Svozil D., Dolce: database of local DNA conformers. Nucleic Acids Research, struktur db záznamůstrukturní parametry

14 Vyvinut automatický postup pro klasifikaci lokálních konformací DNA Závěr

15 Děkuji za pozornost.


Stáhnout ppt "Petr Čech Laboratoř informatiky a chemie VŠCHT Praha Dolce: Databáze lokálních konformací DNA."

Podobné prezentace


Reklamy Google