Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová."— Transkript prezentace:

1 Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová

2 Místo T-exkurze, ten plánek by se mi docela hodil…

3 Ještě momentka z exkurze…

4 • Aby proběhla chemická reakce, musíme dodat určitou energii, přestože produkty mohou mít nižší energii než reaktanty • Tato energie se nazývá aktivační energie a bod s nejvyšší energií se nazývá tranzitní stav Čím jsme se zabývali

5 • V programu Avogadro si navrhneme dva reaktanty a vzniklý produkt a strukturu Jak se to dělá v praxi Pozn.: reakce je jiná, než se kterou jsme pracovali, ale k této jsem na rozdíl od ní mohla sehnat obrázky, které doma udělat nemohu

6 • V programu Gaussian optimalizujeme geometrii a provedeme vibrační analýzu, která nám umožňuje odlišit optimální strukturu od tranzitního stavu… … a mimo jiné pak můžeme v avogadru sledovat, jak atomy v molekule kmitají

7 • Vybereme vazby, které při reakci nově vznikají

8 • Vazby natahujeme a v jednom místě doje k jejich přerušení • Toto místo je odhadem tranzitního stavu reakce • (Na posledním obrázku už vazba neexistuje, je tam jen „nakreslená“)

9 • Víc jsme toho bohužel nestihli, ale další postup nám byl zrychleně ukázán. • Tímto způsobem můžete namodelovat i složité aktivní centrum enzymů a sledovat reakce, což jsme viděli ve 3D promítání glyoxaláza Zjednodušeně fungují enzymy takto: 3D brýle a molekula

10 Od exkurze jsem se chtěla hlavně dovědět jak se zkoumají biomolekuly, hlavně enzymy, které mě zajímají a co se dá počítavě namodelovat. Pro naše instruktory musím dodat: Práce se mi moc líbila a viděla jsem počítač.

11 Zdroje (hlavně obrázků) • EBB3FDA11AC6E EBB3FDA11AC6E • EBB3FDA11AC6E EBB3FDA11AC6E • 59.html 59.html • • •


Stáhnout ppt "Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová."

Podobné prezentace


Reklamy Google